ASSESSORIA DE COOPERAÇÃO INTERNACIONAL - ASCIN/CNPq
PROGRAMAS MULTILATERAIS

PROSUL
Programa Sul-Americano de Apoio às Atividades
de Cooperação em Ciência e Tecnologia

Edital CNPq Nº 011/2008
Chamada I – Redes Temáticas

ROTEIRO
DETALHAMENTO DO PROJETO GERAL DA REDE

(PREENCHIMENTO OBRIGATÓRIO CONFORME ROTEIRO ABAIXO. O NÃO PREENCHIMENTO DE ACORDO COM O ROTEIRO PROPOSTO IMPLICARÁ  NA  DESQUALIFICAÇÃO DA PROPOSTA, POR CARACTERIZAR AUSÊNCIA DE INFORMAÇÕES NECESSÁRIAS À ANÁLISE.  PEDIMOS INDICAR ABAIXO A ÁREA DE CONHECIMENTO DA PROPOSTA)

Nome do proponente: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
E-mail: atrv@lncc.br
Instituição do proponente: Laboratório Nacional de Computação Científica
Título do Projeto da Rede: Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica)
Países envolvidos: Argentina, Uruguai, Chile, Colômbia, Venezuela, Espanha 

1. Relevância do tema (máximo de 1 página)
Justificar o problema abordado e sua importância no contexto da região Sul-americana  

A Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática Red-Rib (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica) é uma Rede de cooperação entre grupos da América do Sul mas conta também com participação de grupos europeus. A Red-Rib foi baseada na experiência de sucesso adquirida através da criação da RIB (Rede Ibero Americana de Bioinformática) que no período de 2003 a 2007 foi financiada pelo CYTED (Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo). Durante esses anos foram ministrados 17 cursos internacionais de alta qualidade onde participaram mais de 150 membros da Rede; três jornadas Ibero-Americanas de bioinformática onde participaram mais de 400 pesquisadores apresentando  mais de 50 trabalhos científicos; projetos de pesquisa (onze) em conjunto com outras da rede de Bioinformática e locais de ensino a distância que contem os cursos de Bioinformática foram criados. Os estudantes da região Sul tiveram a oportunidade de realizar estágios em laboratórios da região e estes intercâmbios têm estimulado o desenvolvimento de projetos de pesquisa em cooperação, levando a um melhoria na qualidade das atividades. 

O presente projeto propõe potenciar e expandir as atividades desenvolvidas nos anos anteriores, para consolidar as ações que levam à formação de recursos humanos na área, assim como para aumentar a transferência de tecnologias modernas e de ponta, no campo da Bioinformática. A união de esforços entre grupos consolidados e em formação nos diferentes países da região deverá permitir o estabelecimento de ações concretas para o estímulo à pesquisa e formação de recursos humanos. Esses esforços colaborativos têm promovido fortes ligações entre os cientistas destes paises. A estratégia utilizada para atingir essa meta é a melhoria do treinamento em pesquisa de jovens cientistas da América do Sul, usando a capacidade de pesquisa já estabelecida nos laboratórios membros da Rede. O apoio ao treinamento em pesquisa (cursos e estágios) na região, compatível com os padrões internacionais, tem sido muito eficiente. Finalmente, as ações propostas deverão possibilitar o início de programas de Mestrado ou Doutorado naqueles países da região onde isso ainda não foi possível, e estimular aqueles atualmente em funcionamento.

A Bioinformática se encaixa perfeitamente nesse espírito, pois além de ter experimentado um desenvolvimento extraordinário nos últimos anos, permite o compartilhamento a distância de recursos em relação ao acesso da informação, aplicações e plataformas. Multiplicam-se desta forma as possibilidades de colaboração entre setores acadêmicos (linhas de formação e intercâmbio de pessoal), científicos (investigação de novas linhas de trabalho) e industriais (patentes, desenvolvimento de softwares, serviços baseados em web). Devido à experiência anterior adquirida com a RIB acreditamos que esta proposta é de baixo risco dado o tema o tema proposto e aos membros integrantes que tem vasta experiência no tema. 

Esta proposta Rede se apresenta como uma cooperação científica com o intuito de consolidar a Bioinformática na região transcendendo os esforços adquiridos através da RIB e de esforços isolados possibilitando um aumento de pesquisas colaborativas, multidisciplinares e de qualidade suficiente para aumentar as oportunidades dos países membros nessa área. 

2. Estado-da-arte (máximo de 1 página)
Apresentar o contexto de desenvolvimento da rede quanto aos aspectos técnico-científicos, ressaltando: trabalhos relevantes sobre o tema realizados no País e/ou no exterior; análise comparativa entre a situação atual e a situação pretendida quanto ao estágio de desenvolvimento científico-tecnológico do tema na região sul-americana.
A rede Iberoamericana de bioinformática (RIB) foi criada em 01/10/2003 e foi a primeira rede de cooperação científica de dimensão Ibero-americana. Esta rede teve como objetivo o desenvolvimento da bioinformática nas distintas comunidades científicas de língua castelhana e portuguesa. Por quatro anos esta rede obteve financiamento do CYTED. Desde o seu encerramento, em 31/12/2007, a rede tem conseguido manter a suas atividades por meio de iniciativas individuais dos seus membros.  
Quando de sua criação a rede RIB possuía quatro linhas de pesquisa que eram: Capacitação (coordenada pelo Dr. Oswaldo Trelles de Espanha), Serviços (coordenada pelo Dr. Raúl Isea de Venezuela), apoio a investigação (coordenada pelo Dr. Danilo González de Chile) e cooperação com outras redes (coordenada pelo Dr. David Holmes de Chile). A coordenação geral da rede foi do Dr. Dr. Oscar Grau de Argentina. Maiores informações podem ser obtidas no endereço http://rib.cecalc.ula.ve/. 
Estas linhas de ações prioritárias tinham como objetivo a busca de um desenvolvimento mais equilibrado através da capacitação científica de grupos emergentes, do desenvolvimento da pesquisa em Bioinformática de alta qualidade, da incorporação de novos pesquisadores na área, do compartilhamento e da racionalização dos recursos disponíveis, do estabelecimento de linhas de pesquisa conjunta e da colaboração com outras instituições. Todos esses objetivos foram plenamente alcançados como esta descrito abaixo: 
Capacitação: Foram realizados 17 cursos intensivos e internacionais de alto nível e três jornadas Ibero-Americanas de bioinformática (Colômbia, Argentina y Espanha) onde participaram mais de 400 pesquisadores. 
Apoio à pesquisa: Foram realizadas onze intercâmbios de pesquisadores dos grupos participantes o que possibilitou a realização de projetos de pesquisa em conjunto e publicações científicas. 
Serviços: Foi estabelecido um portal Ibero-Americano de bioinformática na Venezuela (http://rib.cecalc.ula.ve/). Foram estabelecidos Nós nacionais contendo bases de dados de Bioinformática, programas e tutoriais em colaboração com outras instituições. Esses serviços gratuitos oferecidos pela RIB podem ser encontrados nos seguintes endereços: 
Argentina: http://ar.embnet.org 
Brasil: www.labinfo.lncc.br , www.fiocruz.br , http://www.nbi.cnptia.embrapa.br/
Colombia: http://www.co.embnet.org/
Cuba: http://www.cu.embnet.org/
Chile: http://cbsm.utalca.cl/, http://www.cienciavida.cl/center.php
Espanha: http://www.es.embnet.org/
Mexico: http://embnet.ccg.unam.mx/
Uruguai: http://amsudpasteur.edu.uy/
Cooperação com outras Redes :  

EMBnet (European molecular Biology network)
Rede Clara (Cooperación Latinoamericana de Redes Avanzadas)
Rede EELA (Infrastructura electrónica compartida entre Europa y Latinoamérica)
Rede ALICE (America Latina interconectada con Europa). 

3. Justificativa para a cooperação internacional (máximo de 1 página)
Descrever a inserção/interesse do tema da pesquisa nos cenários nacional e internacional, justificando os benefícios mútuos desta cooperação.
Esta proposta está baseada em uma estrutura e organização que tem demonstrado alta eficiência na formação de jovens investigadores na América do Sul na área de bioinformática. Essa é a continuidade de uma iniciativa que obteve êxitos na formação de uma Rede nessa área específica. Trata-se, portanto, de proposta já bem estabelecida.  
Essa proposta é apoiada por pesquisadores muito ativos, com forte produção científica em revistas internacionais de alto impacto. Além disso, os grupos participantes desse projeto são apoiados por estruturas administrativas dos diferentes países, assim como pelas melhores universidades da Região. A proposta visa elevar a qualidade da formação técnico-científica de jovens pesquisadores, de forma a prepará-los adequadamente para as necessidades acadêmicas e produtivas da Região. 
Em relação à transferência de tecnologias, mediante cursos teórico-práticos e estágios curtos de estudantes de Mestrado ou Doutorado em laboratórios da Rede, se expandirá o uso de técnicas modernas e de ponta, particularmente na área da Bioinformática e da Biotecnologia e, em toda a Região. 

4. Objetivos (máximo de 1 página)
Explicitar claramente o objetivo geral e os específicos da Rede
Geral: A presente proposta tem como objetivo geral o fortalecimento e a melhoria das interações entre os grupos de pesquisa dos países participantes da Rede, promovendo a utilização, desenvolvimento de tecnologias e inovações relacionadas com a Bioinformática.  

Específico: Os objetivos específicos estão relacionados com a busca do desenvolvimento mais equilibrado através da capacitação científica de grupos emergentes na América do Sul, o desenvolvimento da pesquisa em bioinformática de alta qualidade, a incorporação de novos pesquisadores, a difusão de recursos disponíveis, o estabelecimento de linhas de pesquisa conjunta e a colaboração com outras instituições. 
As estratégias para alcançar esses objetivos são: 
1. Promover o intercâmbio de pesquisadores e estudantes que possibilitem o desenvolvimento de projetos de cooperação; o treinamento em técnicas e metodologias específicas e a complementação de trabalhos de teses de mestrado ou doutorado; 
2. Organizar cursos teórico-práticos de interesse dos grupos da Rede; 
3. Organizar reuniões científicas em temas de interesse dos grupos da Rede, que promovam o desenvolvimento de atividades colaborativas; 
4.Estimular o desenvolvimento de projetos de cooperação entre os grupos de pesquisa; 
5. Transferir de tecnologia de ponta entre os laboratórios participantes da rede.
6. Estimular o desenvolvimento de manuais eletrônicos para a difusão entre os diferentes países que formam a rede.
7. Desenvolver e implementar novas metodologias computacionais para a análise de dados através de linguagem de programação. 

5. Metodologia (máximo de 1 página)
Descrever os métodos que planeja utilizar para abordar os objetivos da Rede.   
A metodologia de trabalho da rede está desenhada sobre sete linhas de pesquisa de ação prioritária:
1.	"Data management in bioinformatics": Consistirá no desenvolvimento e implementação de banco de dados  repositórios de informações e programas especializados em bioinformática. 
	Coordenador: Antonio Basílio de Miranda – FIOCRUZ
	Vice-coordenador: Hugo M. Naya Monteverde – Instituto Pasteur de Montevidéu

2.	"E-Learning in Bioinformatics": Consistirá na implementação de uma aula virtual para divulgar os conceitos e técnicas na área de bioinformática e para incentivar a formação a distância de estudantes de mestrado e doutorado em ciências biológicas. 
	Coordenador: Elizabeth Tápia Paredes – Conicet – UNR 
	Vice-coordenador:  ??? temos que colocar alguém de outro pais!!!

3.	"Bioinformatics algorithms": Consistirá no desenho de novos algoritmos que complementem a investigação em temas relacionados a predição de genes, ORFs entre outros, usando para isso linguagem de programação tais como como C/C++, Python, Java, entre outras. 
	Coordenador: Fernando Alvarez - 
	Vice-coordenador: ????

4.	Genomics and Systems Biology: Consistirá em incentivar estudos de genômica e temas relacionados de biologia integrativa usando para isso ferramentas especializadas de bioinformática como análise de dados de microarranjos, proteômica, genômica funcional, genômica estrutural entre outros. 
	Coordenador: David Holmes -  Fundación Ciencia para la Vida
	Vice-coordenador: Wilson de Araújo – USP Ribeirão Preto.

5.	"Nanobioinformatics and Structural Bioinformatics": Consistirá no uso da  modelagem de 3D, docking molecular entre outras técnicas.   
	Coordenador: Fernando Danilo Gonzalez Nilo - Universidad de Talca
	Vice-coordenador: Paula Kuser Falcão - EMBRAPA

6.	"Tecnologías Emergentes": Consistirá no desenvolvimento de elementos de cálculo científico intensivo com ênfase especial em Grid e Workflows.
	Coordenador: Tomas Orlando Perez Acle - Universidad Catolica de Chile
	Vice-coordenador: Miguel Ortega - UFMG

7.	"Integrative Bioinformatics": Consistirá em estabelecer alianças estratégicas entre redes de trabalho especializadas em bioinformática para a divulgação e integração das redes Sul Americanas e Européia. 
	Coordenador: Raul Iseas - Universidad Catolica de Chile
	Vice-coordenador:  Antonio ou win????

6. Plano de trabalho (máximo de 1 página)
Descrever as etapas de execução do projeto da Rede

As atividades da rede serão organizadas e coordenadas pelo Grupo Gestor que será formado por um representante de cada país. As normas para realização de cada uma das atividades estão descritas abaixo.

A. Intercâmbio de pesquisadores e estudantes – estágios curtos. Essa será uma das principais atividades da Rede. 
Será realizada uma chamada de proposta por ano, com possibilidade de apoiar  um candidato por ano de cada a projeto. O apoio será de R$xx.000,00/estagiário que será usado para custear as despesas de viagem e estadia. Um comitê constituído de três pesquisadores  farão  a seleção das propostas. 

B. Cursos Teórico-práticos 
Será organizado um curso por ano em temas definidos pelo Coordenador do país organizador, em conjunto com o GG. Esses cursos deverão promover a transferência de tecnologias. Os cursos contarão com a participação de docentes/pesquisadores dos grupos da Rede e outros docentes/pesquisadores convidados. Para essa atividade receberá o apoio de R$ xx.000,00 por ano. 

C. Organização de reuniões científicas e do Grupo Gestor 
A cada ano acontecerá uma reunião científica. A primeira, em 2009, será no Brasil e posteriormente na Venezuela. A terceira reunião acontecerá em Montevidéu. A reunião cientifica terá como objetivo promover o desenvolvimento de atividades colaborativas. Junto com essa reunião haverá reunião administrativa do GG. O valor destinado para cada reunião será de R$ .000,00. A coincidência das datas do curso, reunião do GG e reunião científica otimizará o uso dos recursos financeiros.   

7. Composição do Grupo Gestor (GG), seu gerenciamento e atribuições do coordenador da Rede (máximo de 2 páginas)  
Definir: a) a composição do Grupo Gestor; b) atribuições de cada integrante do GG; e  c)  organização, gestão e atividades  da Rede para o cumprimento de suas metas previstas.

A Rede será constituída por grupos de pesquisa de cinco países Sul Americanos (Argentina, Brasil, Chile, Colômbia, Uruguai e Venezuela) com estreita colaboração de diversos grupos de pesquisa da Espanha incentivando a continuidade da participação de grupos ibero-americanos nos trabalhos da  rede.  Cada Nó terá um representante no Grupo Gestor (GG) que será responsável por representar as setes atividades da Rede no seu país.  O GG contará também com a participação do Coordenador da REDE e nesta proposta a Dr. Ana Tereza Vasconcelos ,e do  Vice coordenador Dr.  Raul Isea (Venezuela). 
É importante indicar que devido a grande participação de pesquisadores do Brasil, possibilitou a inclusão de pelo menos um brasileiro como coordenador ou vice-coordenador em cada um dos sub-projetos apresentados. 
Um Conselho Científico Internacional (International Scientific Advisory Board, ISAB), formado por cientistas de reconhecida competência internacional, será criado para avaliar as atividades da Rede e fazer recomendações ao GG. A princípio serão convocados dois pesquisadores nível 1 do CNPq e outro pesquisador da América do Sul de renomada competência na área para compor o comitê
 A organização da Red-Rib é mostrada esquematicamente na Figura 1..   

Figura 1: Esquema de organização da rede
RAUL POR FAVOR COLOQUE AS INFORMACOES QUE O FERNADO SUGERIU NO DESENHO
.

8. Informações sobre as equipes brasileira e estrangeira da Rede
Relacionar todos os membros das equipes: brasileira e estrangeira formadoras da Rede. A informação prestada abaixo deve ser exatamente igual ao que foi cadastrada no campo “EQUIPE” do Formulário on line do CNPq. Inserir quantas linhas forem necessárias. 

	Nome	Instituição	Sigla	Titulação	
1	Adriano Barbosa da Silva	Universidade Federal de Pernambuco	UFPE	Dr	
2	Alessandra Conceição Faria Aguiar Campos	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
3	Ana Carolina Ramos Guimarães		Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	
4	Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos	Laboratório Nacional de Computação Científica	LNCC	Dr	
5	Antonio Basilio de Miranda	Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	
6	Carlos Henrique da Silveira	Universidade Federal de Itajubá	UNIFEI	Dr	
7	Cristian Tristão 	Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul	PUC RS	Mestre	
8	Fábio Faria da Mota				Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	
9	Georgios Joannis Pappas Júnior    falta CPF	Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia 	EMBRAPA 	Dr	
10	Glória Regina Franco	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
11	Goran Neshich  falta CPF	Embrapa Informática Agropecuária	EMBRAPA	Dr	
12	João Alexandre Ribeiro Gonçalves Barbosa  	Laboratório Nacional de Luz Síncrotron 	LNLS	Dr	
13	José Miguel Ortega	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
14	Luciane Prioli Ciapina	Laboratório Nacional de Computação Científica	LNCC	Dr	
15	Luiz Fernando Bessa Seibel	Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro 	PUC RJ	Dr	
16	Maira Ferreira de Noronha  falta CPF	Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro 	PUC RJ	Mestre	
17	Maíra Ribeiro Rodrigues	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
18	Marcos Augusto dos Santos	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
19	Marcos Paulo Catanho de Souza	Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	
20	Marisa Fabiana Nicolás	Laboratório Nacional de Computação Científica	LNCC	Dr	
21	Mauricio de Alvarenga Mudado	Fundação Ezequiel Dias	FUNED	Dr	
22	Melissa Lemos Cavaliére  falta CPF	Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro 	PUC RJ	Dr	
23	Nicolas Carels				Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	
24	Paula Regina Kuser Falcão	Embrapa Informática Agropecuária	EMBRAPA	Dr	
25	Raquel Cardoso de Melo Minardi	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
26	Sergio Lifschitz	Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro 	PUC RJ	Dr	
27	Sérgio Vale Aguiar Campos	Universidade Federal de Minas Gerais	UFMG	Dr	
28	Wim Maurits Sylvain Degrave  falta CPF	Fundação Oswaldo Cruz	FIOCRUZ	Dr	

	Equipe Estrangeira				
	Nome	Instituição	Sigla	Titulação	
1	Alejandro Eduardo Maass Sepúlveda	Universidad de Chile	UCHILE	Chile	Dr	
2	Carlos Felipe Gaete Eastman	Universidad de Talca	UTALCA	Chile	Dr	
3	Elizabeth Tapia	Universidad Nacional de Rosario	UNR	Argentina	Dr	
4	Emiliano Barreto Hernández	Universidad Nacional de Colombia	UNCB	Colombia	Dr	
5	Esteban Serra	Universidad Nacional de Rosario	UNR	Argentina	Dr	
6	Fernando Danilo Gonzalez Nilo	Universidad de Talca	UTALCA	Chile	Dr	
7	Ferran Sanz Carreras	Universitat Pompeu Fabra	UPF	Espanha	Dr	
8	Francesc Andreu Rossello Llompart	Universidad de las Islas Baleares	UIB	Espanha	Dr	
9	Graciela Salerno	Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas	FIBA	Argentina	Dr	
10	Hugo Mario Naya Monteverde	Institut Pasteur de Montevideo	IP Montevideo	Uruguai	Dr	
11	José Ramón Valverde Carrillo	Centro Nacional de Biotecnología	CSIC	Espanha	Dr	
12	Julio Alejandro Di Rienzo	Universidad Nacional de Córdoba	UNC	Argentina	Mestre	
13	Laura Monika Angelone	Centro Internacional Franco-Argentino de Ciencias de la  Información y Sistemas	CIFASIS	Argentina	Dr	
14	Luis Esteban	Universidad Nacional de Rosario	UNR	Argentina	Dr	
15	Luis Raul Isea Hernandez	Fundación Instituto de Estudios Avanzados	IDEA	Venezuela	Dr	
16	Marta Cecilia del C. Bunster Balocchi	Universidad de Concepción	UdeC	Chile	Dr	
17	Martín Graña	Institut Pasteur de Montevideo	IP Montevideo	Uruguai	Dr	
18	Oswaldo Trelles Salazar	Universidad de Málaga	UMA	Espanha	Dr	
19	Paula del Carmen Fernandez	Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria	INTA	Argentina	Dr	
20	Pilar Bulacio	Centro Internacional Franco-Argentino de Ciencias de la  Información y Sistemas	CIFASIS	Argentina	Dr	
21	Rafael Mayo García	Centro de Investigaciones Energéticas Medioambientales y Tecnológicas	CIEMAT	Espanha	Dr	
22	Raúl Herrera Faúndez	Universidad de Talca	UTALCA	Chile	Dr	
23	Rosana Nieves Chehín	Universidad Nacional de Tucumán	UNT	Argentina	Dr	
24	David Holmes	Fundación Ciencia para la Vida	FCV	Chile	Dr	

9. Infra-estrutura disponível para realização do projeto da rede (máximo de 2 páginas)
Descrever a infra-estrutura existente: material permanente, equipamentos, instalações disponíveis para o projeto, inclusive das instituições brasileiras e estrangeiras que estão envolvidas no projeto da rede.
LNCC
O LNCC conta atualmente com os sistemas Sunfire 6800 com 24 processadores e 24 Gb de memória, SunFire 3800 com 4 processadores e 32 Gb de memória, SGI Challenger com 8 processadores e 2 Gb de memória e 2 Sun Enterprise 450, oferecendo um conjunto de ferramentas com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica. O parque computacional do LNCC possui também, 90 workstations Unix (IBM, Silicon Graphics, Sun e Linux), 350 microcomputadores do tipo PC e 100 impressoras. A rede externa do LNCC dispõe de dois links, um  de 34 Mbps  (megabits/segundo), para o POP-RJ da RNP, o qual é operado pelo próprio LNCC na sua antiga sede e o outro, de 2 Mbps para a REDERIO. A taxa de utilização dos dois links (RJ-Petrópolis) é de aproximadamente de 50%. Está em estudo a expansão dos link com a REDERIO visando a interligação com a REMAV-RJ (Rede Metropolitana de Alta Velocidade), contamos ainda com dois servidores de comunicação para acesso discado com 30 linhas digitais cada (total 60 linhas) que estarão localizados em Petrópolis e no Rio de Janeiro (POP-RJ).
A plataforma da rede interna do LNCC é composta atualmente de 2 switches Cisco Catalyst, modelo 6509, interligados a 4 Gbps, interligando dois clusters de switches Catalyst modelo XL-2909 com ligações FEC de 800 Mbps em cada cluster. Os switches mestre de cada cluster possuem 2 slots disponíveis para expansões, além de várias portas 10/100 Mbps reservadas para expansões. No total, o LNCC tem aproximadamente 500 portas 10/100 Mbps nos clusters de switches interligando as estações de trabalho do seu corpo técnico/científico. O cabeamento é todo estruturado com certificação e garantia de 15 anos pela Lucent Tecnologies. As ligações dos switches são em fibra e destes para as salas (estações) são de par trancado categoria 7. 
UFMG
Um servidor front-end (AMD X2 3 GHz, 4 GB de memória 800 MHz, RAID 1 500 GB) administrado pelo grupo em rede Gygabit com Hipercomputador de 43 nós (cada nó composto de 4 processadores Intel Quad core 2.66 GHz e 16 GB de memória 667 MHz, contendo unidade de storage 60 TB, total de 848 cores).
Trabalho dedicado de um pós-doutorando PNPD por 5 anos e participação da equipe do CENAPAD-UFMG na instalação de processos que utilizam o hipercomputador.
Sequenciador de DNA MegaBace1000, termocicladores, aparatos para eletroforese vertical e horizontal, facility para microarrays (Spotter, Scaner e Câmara de hibridização), vários microcomputadores e estações de trabalho.

Fiocruz
Modelo A: SunFire v65-X com 2 processadores Intel Xeon de 3.2 GHz e 5 GB de RAM com 1 disco de 36 GB e 3 discos de 72 GB.
Modelo B: Intel Pentium 4 3GHz, 1 GB de RAM, 80 GB de disco.
Modelo C: Intel Pentium 3 GHz, 256 MB de RAM, 30 GB de disco.
Modelo D: Athlon 3 GHz com processador de 64 bits, 1 GB de RAM, 200 GB de disco.
Modelo E: AMD Opteron Dual Core 2GHz com processador de 64 bits, 2 GB de RAM, 3 discos de 700 GB.

EMBRAPA
Universidad Catolica de Chile
Um conjunto de 12 núcleos Pentium IV com 18 GBRAM e 500 GB do HD, será dedicado às tarefas do projeto. 

Universidad de Chile  LBMG-CMM
Clúster HP Itannium CMM com 32 processadores. Será expandido para 512 processadores no primeiro  semestre de 2009. Instalações físicas de CMM para professores visitantes e estudantes. 

Fundación Ciencia para la Vida
Cluster com 132 CPU rodando windows,  SERVER 2008 que em breve terá um upgrade para  4 terabytes de storage

Universidad de Talca
Sistema computacional de Alto desempenho com de 400 CPUs :  1 PC-cluster basado en procesadores INTEL Quardcore e  2 Servidores ALTIX-Silicon Graphics.  Laboratório de computação com 40 PC processadores AMD, 2 GB RAM). Sala estereoscopica ara visualização 3D de proteínas.

Universidad Nacional de Colombia
Servers 2 SUN Z40 2 OPTERON processadores  de 4 Gb RAM, 512 Gb HD, Linux SUSE Cluster: 8 Xeon quat processors,  6 Tb HD. Linux SUSE

Universidad de Málaga, España
Um Cluster de memória distribuída formado por 256 nos JS20 de IBM com uma potencia de cálculo de 4,5 Tflops, integrado na Rede Espanhola de Super computação.  Superdome da HP com memória distribuída con 128 núcleos baseado no Itanium-2 com 128 Gbytes de RAM. 

Univ. Illes Balears
2 servidores  GS1280 con 8 procesadores y 32 GB y 64 GB de RAM,  Grid de 8 procesadores que proximamente se ampliará a 16. Tenemos solicitado un proyecto para la creación de una granja de 32 CPUs.

Instituto Pasteur de Montevideo:
Cluster BULL de 80 nós, 8 PCs, 2 MacBook-Pro

Instituto de Biotecnología INTA Castelar
Salas para 20 pessoas com aceso a Internet.  Cluster de 5 CPUs DELL OPTIPLEX 745,  Intel Pentium,   D Processor with Dual Core Technology , EM64T, cache x2 MB L2, y EIST3 -Broadcom 5754 Gigabit Ethernet LAN solution 10/100/10006 Ethernet Remote Wake Up-1 GB RAM DDR2 Dual Channel 667 MHz -SATA 3.0 Gb/s HDD: 160 GB, 7200 RPM - DVD+/-RW, Integrated Intel Graphics Media Accelerator 3000 256 MB shared memory.  Workstation Dell Precision 490 / Xeon Intel/ nseries

IRICE-CCT Rosario
Sala de aula para 25 pessoas com acesso a Internet.  Cluster com 486 processadores. 

10. Fontes de financiamento (máximo de 1 página)
Detalhar os aportes financeiros já aprovados que comprovam a sustentação financeira do projeto da rede.

A Rede agora formada conta com o apoio das várias instituições que a compõem. Além da disponibilidade de equipamentos está incluído na contra partida a hora de trabalho de seus integrantes. 

Projetos de Pesquisa Financiados desde 2001	valor	agência financiadora	US$	
				
Estudo multicênctrico para caractarização molecular das hemofilias A e B e determinação do estado de portador de hemofilia no Brasil	R$ 1.085.114,28	FINEP	 	
Projeto Genoma Brasileiro - BRGENE	R$ 13.000.000,00	CNPq	 	
Rede Nacional de Seqüenciamento de DNA - Projeto Genoma Brasileiro: Determinação de genomas relevantes para a saúde humana	R$ 2.096.504,05	FINEP	1.103.423,18	
Bolsistas - Edital 14	R$ 135.685,48	CNPq	 	
CTpedia database	R$ 133.000,00	LUDWIG	70.000,00	
Projeto OMM	R$ 100.000,00	CNPq	 	
HAMAP - BRAzil PAthogenic Proteins Annotation Project	R$ 133.000,00	SWISS-PROT	70.000,00	
Projeto Genomica comparativa de Xylella fastidiosa * 	 	USDA	 	
Fixadores Biológicos de Nitrogenio*	R$ 100.000,00	CNPq	 	
Cooperação Brasil-Cuba em Bioinformática *	R$ 120.000,00	CNPq	 	
Projeto Genoma Sul – GENESUL e proteoma*	R$ 4.250.000,00	CNPq	 	
Base de dados de Coleções de bactérias*	R$ 550.000,00	CNPq	 	
The Taxonomy of the vibrios *	 	 	 	
Prospecção de novos genes com potencial biotecnológico* 	R$ 1.999,00	MCT	 	
Genômica Funcional, Estrutural e Comparativa do feijão Caupi (Vig-EST)*	R$ 110.000,00	MCT	 	
Bioinformática Aplicada à Genômica Comparativa e à Proteômica (Edital Universal)	R$ 50.000,00	CNPq	 	
Rede Nacional de Seqüenciamento de DNA - Projeto Genoma Brasileiro: Determinação de genomas relevantes para a saúde humana	R$ 2.008.800,00	MS	 	
Apoio para a instalação da Unidade Multiusuária de Genomica Computacional	R$ 42.640,00	FAPERJ	 	
Genômica computacional e o sequenciamento parcial do genoma de Trypanosoma cruzi	R$ 140.000,00	FAPERJ	 	
Biotecnologia - Insumos para Genômica e Proteômica	R$ 1.860.775,13	MCT	 	
Brazilian Microbiological Resource Center (BMRC)	R$ 120.000,00	CNPq	 	
TOTAL PARCIAL	R$ 26.037.517,94	 	 	

11. Resultados Esperados (máximo de 1 página)
Listar possíveis  resultados esperados do projeto.
Ao final do período de três anos espera-se que a Rede tenha possibilitado o intercâmbio de 21 estagiários, aumentando e melhorando as atividades de cooperação entre os grupos. Nesse mesmo período espera-se que os cursos teórico-práticos tenham atendido cerca de 100 estudantes e que as reuniões científicas tenham possibilitado a participação de cerca de 150 pessoas. 
Em conseqüência dessas atividades, se transferirá tecnologias modernas e de ponta entre os diferentes laboratórios da REDE.
A difusão das atividades apoiadas pela Rede nos diferentes países será feita através das instituições envolvidas, que correspondem a universidades e institutos e pesquisa. A visibilidade da Rede se incrementará através das ações propostas, que incluem cursos, reuniões científicas e intercâmbios, além da difusão das atividades em congressos científicos nacionais e internacionais na região. Os trabalhos científicos realizados em colaboração e com apoio da Rede serão publicados em revistas especializadas.

12. Orçamento detalhado das atividades da Rede
12.1. Listar as atividades científicas previstas para o projeto e descreva seus objetivos, justificando sua realização. É obrigatório o preenchimento de todos os campos abaixo sob pena de não ser pré-selecionado. Inserir quantas linhas forem necessárias. 
Atividade(s) científica(s) de brasileiros em missão a outros países sul-americanos	

Nome do pesquisador	
Objetivo/Justificativa da atividade	
Período
Início/Término	
Nº de Diárias	Valor em R$ (conf.TABELACNPq)	
Trecho aéreo	Valor em R$	Seguro Saúde (R$150,00) por missão	Vr. Total em R$
Seguro+Diárias+Passagens	
										
Total em R$	     		     	     	     	

Atividade(s) científica(s) de estrangeiros em missão aos países sul-americanos, exceto em seu país de origem.	

Nome do pesquisador	
Objetivo/Justificativa da atividade	
Período
Início/Término	
Nº de Diárias	
Valor em R$ (conf.TABELA CNPq)	
Trecho aéreo	
Valor em R$	Vr. Total em R$ Diárias + Passagens	
							     	     	
Total em R$	     		     	     	

12.2. Discriminar e justificar os gastos com custeio do projeto. Inserir quantas linhas forem necessárias
Item de custeio	Justificativa da aquisição	Valor  em R$	
1.     
	     	     	
Total em R$	     	

13. Informações complementares (máximo de 1 página)
Assinalar outros aspectos que sejam considerados relevantes para a avaliação da rede que não estejam especificados nos itens anteriores.