BASES DE DADOS DE TRANSCRIPTOMA

• O que é o GEO General

GPM PLATFORM é o microarranjo manufaturado, que pode ser usado por vários pesquisadores com diferentes SAMPLE GSM em diferentes experimentos ou SERIES GSE

GDS DATASET é um conjunto de dados obtidos com a mesma plataforma e curados, para que deles sejam extraídos os Profiles.

GSE4578

Transcriptome analysis of A. nidulans growing in different carbon sources

O que tem no GEO hj:

GPL Platforms 3536 GSM Samples 158696 GSE Series 6066

Exemplos:

Dataset GDS2313 – faça análises

Platform GPL3604

Sample GSM102371

Vendo os profiles em Entrez GEO Profiles

Ou procure com BLAST em GEO BLAST

Download: o formato SOFT

Profile: nanog AND 1-cell: GDS813

Como interpretar

• dbEST, Unigene, RefSeq ou GENE ?
• Como saber se o clone que gerou a EST está completo? (principalmente no 5’)
• Quer comprar um gene? MGC
• Ou vamos fazer primers pra amplificar ele? BestPrimers