GEO - site de abundancia molecular

Técnicas atuais visam mostrar abundancia absoluta x relativa (corantes diferentes sem saber qual eh a expressão total da célula) A coisa mais atraente é a grande quantidade de medições simultâneas.

Definições: Platforms have the prefix GPL, samples have the prefix GSM, and series have the prefix GSE

GPL -- Plataforma: o sistema de medição, SAGE, chip affymetrix, cDNA spotado, etc. É o conjunto de sondas usado, que define o que é que se vai detectar.

GSM -- Sample: a amostra é definida pelo alvo da detecção pelas sondas. A tendência atual é chamar o nRNA marcado como amostra mesmo e o material espotado ou os oligos de sondas, à semelhança do que é feito no Northern Blot (embora aqui a amostra é que esteja marcada).

GSE -- Série: experimentos simultâneos, em série, porque a tendência é medir alterações após um certo desafio que pode ser um tratamento, ou o desenvolvimento do organismo ou da célula. É a organização de amostras de um experimento.

Todas as vezes que um desses for usado mais de uma vez, vc tem uma familia. Por exemplo a família de depósitos com a mesmíssima plataforma affymetrix. As famílias aparecem quando vc entra pelo ID (acession). 

O dado cru não é depositável, à semelhança de Trace archive que têm os arquivos originais de seqüênciamento, mas não o genbank. Só os dados extraídos do sinal original é que são depositados.

A estocagem é feita em uma entidade de banco (que pode incorporar qualquer tipo de formato, inclusive o dado cru se eles quisessem, um BLOB)

A estocagem é feita dando-se um ID para GPL, GSM e GSE. Esse ID é distrubuído no sistema Entrez e em "Probe" no NCBI. O Formato de exposição dos dados pode ser um html ou então um formato para uso em programas = SOFT. Isso opde ser recuperado. o depósito pode ser em formulários web para os manés ou no formato soft, mas lembre-se que tudo fica num BLOB.

GEOProfiles: nanog
Uma consulta com nanog mostra três séries, a terceira:
Uma série com nanog e 10 samples buscada em GEO profiles
nanog AND Mus musculus [organism] AND 10[Number of Samples]