Ferramentas de Mineração Genômica 2009
Objetivos: ser capaz de entender e executar
análises em larga escala; compreender uso de ferramentas novas
Estratégia: curso teórico-prático
Avaliação: participação e execução das tarefas (60), coordenação de discussão (10
+ 10) e seminários (10 + 10)
Tarefas: primeiro conjunto de seminários – procurar artigo representativo do
tópico a ser abordado a partir da aula 5 (individual)
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Tópicos iniciais:
Aula 1,
19/09:
1.
Acesso a
servidores e serviços: ssh, sftp, mysql, php, webservices
2.
Obtenção
de bases de dados
a.
BLAST: executável | bases
(readme; ftp; updater)
b.
Taxonomy
c.
GOA
d.
Kegg
f.
CDD
Aula 2,
26/09:
Aula 3,
9/9 (não haverá aula durante o congresso de genética)
Discussão sobre BLAST:
todos devem ler “handbook” e “BLOSUM” e os grupos devem criar perguntas para
discussão
Taiba: programas do pacote | handbook
(criar GD) | MegaBLAST (pdf) |
MegaBLAST descontínuo
(pdf)
Manibu: estatísticas
(pdf) |
guia do BLAST
| BLOSUM (criar GD)
Aula 4,
16/9:
Tutorial BLAST:
Exemplos de análise: Shell | MySQL
MegaBLAST, MegaBLAST descontínuo
Aula 5
em diante: apresentação de pesquisas e tutoriais sobre geradores de
agrupamentos de homólogos
Seminário Seed
Linkage
Seminário KOBAS
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miguel @
icb.ufmg.br