Ferramentas de Mineração Genômica 2009

 

Objetivos: ser capaz de entender e executar análises em larga escala; compreender uso de ferramentas novas

Estratégia: curso teórico-prático

Avaliação: participação e execução das tarefas (60), coordenação de discussão (10 + 10) e seminários (10 + 10)

Tarefas: primeiro conjunto de seminários – procurar artigo representativo do tópico a ser abordado a partir da aula 5 (individual)

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Tópicos iniciais:

Aula 1, 19/09:

1.                  Acesso a servidores e serviços: ssh, sftp, mysql, php, webservices

2.                  Obtenção de bases de dados

a.       BLAST: executável | bases (readme; ftp; updater)

b.      Taxonomy

c.       GOA

d.      Kegg

e.       Trace Archives

f.        CDD

Aula 2, 26/09:

  1. Apresentação de descrições sobre as bases locais
  2. Integração de dados

Aula 3, 9/9 (não haverá aula durante o congresso de genética)

Discussão sobre BLAST: todos devem ler “handbook” e “BLOSUM” e os grupos devem criar perguntas para discussão

Taiba: programas do pacote | handbook (criar GD) |  MegaBLAST (pdf) | MegaBLAST descontínuo (pdf)

Manibu: estatísticas (pdf) | guia do BLAST | BLOSUM (criar GD)

Aula 4, 16/9:

Tutorial BLAST:

Parâmetros

Exemplos de análise: Shell | MySQL

MegaBLAST, MegaBLAST descontínuo

Análise de 500 mil amostras do seqüenciador 454: seqüenciamento de uma linhagem celular de tumor de mama

Aula 5 em diante: apresentação de pesquisas e tutoriais sobre geradores de agrupamentos de homólogos

  1. COGnitor, UEKO e ATGC
  2. Seed Linkage
  3. Ortho-MCL e Ortho-MCL db
  4. Inparanoid e multiparanoid
  5. PSI-BLAST, RPS-BLAST e CD-search
  6. Brite, KO, KOALA

Seminário Seed Linkage

Seminário KOBAS

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miguel @ icb.ufmg.br