- Bioinformática Genômica
- Projeto genoma de eucariotos (Schistosoma mansoni, Trypanosoma cruzi), procariotos (Chromobacterium violaceum) e vírus (vírus da dengue);
- Aplicação de agentes móveis e bancos de dados orientados a objetos na base de conhecimento sobre Schistosoma mansoni;
- Anotação automática de seqüências de DNA;
- Construção de ferramentas para análise de sequências de DNA e proteínas;
- Algoritmos eficientes e paralelos para análise de sequências, árvores filogenéticas, estrutura protéica e de macromoléculas.
- Diversidade genética e evolução molecular humana.
- Diversidade genética e evolução molecular - aplicações à biodiversidade.
- Probabilidade e processos estocásticos aplicados à genômica.
- Inteligência computacional aplicado à genômica;
- Mineração de dados aplicados à genômica.
- Bioinformática de Biomoléculas
Proteômica de venenos de animais peçonhentos (Phoneutria nigriventer e Tityus serrulatus);
Algoritmos para visualização de modelos moleculares;
Análise estrutural automática de proteínas.
Modelagem Molecular (ligantes de DNA, toxinas animais e proteínas).
- Bioinformática Funcional
- Processamento e análise automáticas de imagens biológicas e médicas.
- Telepresença em sistemas biológicos.
- Farmacogenômica.
- Expressão gênica diferencial.
- Engenharia de software: armazenamento e análise de registros eletroforéticos