Guia rápido para contrução do Unigene de C. sativa

1. mkdir unigene_aula; cd unigene_aula

2. cp -rf /home/bacharelado/unigene_aula/* .

3. cat cs.est | grep -c

4. seqclean cs.est -v /home/bacharelado/phred_aula/vetor/univec

5. mkdir tgicl; ls; cp cs.est.clean tgicl/; cd tgicl

6. tgicl cs.est.clean

7. cd asm_1; more contigs; more singles

8. cat contigs singlets CL47 CL94 > tudo

9. blastall -p blastx -i tudo -d /home/bacharelado/blast_aula/uniprot_5_2011/uniprot_17_5_11 -F F -v 5 -b 1 -o saida -e 1e-10 -a 4 & (digite blastall e enter para ler sobre os flags acima!)

10. less /home/bacharelado/unigene_aula/operacao/asm_1/saida (blast já rodado contra UniProt)

11. Fazer relatório sobre a análise contendo número de clones por cluster, pesquisa de homologia dos clusters, comentários sobre a informação obtida com as ESTs disponíveis.