Disciplina Bioinformática - II semestre 2009

Tarefas: encaminhar por e-mail biodados@gmail.com (até a próxima quinta 8h)

Lojas online em BH: WAZ | DHCP | Oficina dos Bits

1. Configurar com preocupação de máximo desempenho (grupos 1 a 4) ou menor custo (grupos 5 a 8)

Gabinete

Gogos 1 a 4: 2U para Central de Processamento de Dados

Grupos 5 a 8: Gabinete torre, buscando custo reduzido para comprar 2 máquinas

Ventoinha

Verificar o tamanho na descrição do gabinete (alguns vêm com ventoinhas)

Fonte

“não genérica”, qualquer fonte boa custa cerca de R$200

Disco rígido

Comparar preço por GB para mapear

Grupos 1 a 4: dois discos SATA idênticos de 500 a 1000 GB

Grupos 5 a 8: um disco SATA de cerca de pelo menos 500 GB

Dois disco

Processador

Verificar Front Side Bus (em MHz) para compatibilizar com memória e placa mãe

Verificar se vem com cooler (peça é dita “box”) ou se é preciso comprar o cooler em separado

Comparar brevemente com os demais

Grupos 1 e 5: i5 Quad Core ou i7 com dual channel

Grupos 2 e 6: i7 Intel com triple channel

Grupos 3 e 7: Phenom II X6 AMD

Grupos 4 e 8: Phenon II X4 AMD

Placa mãe

Verificar suporte a velocidade máxima de memória (exigir suporte a triple channel para o i7)

Compatibilizar com memória DDR3 ou DDR2 (grupos visando baixo custo) – evitar “o.c.” (overclock)

Memória

Grupos 1 a 4: Mínimo de 2GB por core

Grupos 5 a 8: Mínimo de 1GB por core

Utilizar dois pentes idênticos (três para o triple channel)

Mínimo de 1066 MHz DDR2 ou 1333 MHz DDR3 (a latência da DDR3 é mais alta) – preferir DDR3

Leitor de DVD, monitor, teclado e mouse – não necessários

2. Copiar para o servidor um conjunto de tamanho apropriado de seqüências (acima de 10)

Utilizar vi <gene>; colar o fasta do CDS (ATG até STOP); sair com ESC :x!

Fonte: Kegg Pathways; escolher via; objetivar estudo de uma linhagem celular de câncer de mama (aula futura)

Grupos 1 a 4: metabolismo

Grupo 5: processamento de informação ambiental

Grupo 6: processamento de informação genética

Grupos 7 e 8: doenças humanas

Exemplo de procedimento (clique comigo!):

Cytrate cycle

E1.1.1.37 (é a malato desidrogenase, veja pelo mapa)

(control F HSA para achar a humana)

MDH1 (eu pegaria a malato desidrogenase um e a dois)

Clique em NT Seq, copie o arquivo em formato FASTA, edite o identificador assim

ANTES

>hsa:4190 MDH1; malate dehydrogenase 1, NAD (soluble) (EC:1.1.1.37); K00026 malate dehydrogenase [EC:1.1.1.37] (N)

DEPOIS (note o espaço após MDH1, ele “separa” identificador de description

>MDH1 malate dehydrogenase 1, NAD (soluble); K00026 malate dehydrogenase

Envie tb cópia das seqüências para o e-mail biodados@gmail.com com o nome do grupo como título