UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS
GERAIS
INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
LISTA 2 DE EXERCÍCIOS DE BIOINFORMÁTICA
1.
Fazer o
alinhamento das seqüências usando o software CLUSTALW e salvar no formato PHYLIP (parâmetros -OUTPUT=PHYLIP -OUTFILE=nome_do_arquivo.phy).
/home/clustalw/clustalw2
Quantas seqüências
foram alinhadas?
Qual o tamanho do
alinhamento?
Lembre do formato
PHYLIP que ira ajudar na resposta.
2.
Rodar o programa SEQBOOT (pacote do phylip).
O programa seqboot faz teste para
saber a confiança dos dados encontrados através de reamostragem.
Página do Phylip para rodar no
Windows http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
ou
você pode rodar do /home/leandro/phylip.
Lembre de renomear o arquivo de saída outfile
para nome_do_arquivo.boot!!!
Usaremos no
próximo programa.
Comando para renomear
mv nome_antigo
nome_novo
seqboot
nome_do_arquivo.phy
número de replicas 100
seed (número
aleatório que ele irá pedir) 655757555
3.
Rodar o programa PRODIST (pacote do phylip).
protdist
nome_do_arquivo.boot
nome_do_arquivo.out
Lembre de renomear o arquivo de saída outfile
para nome_do_arquivo.out!!!
Usaremos no
próximo programa.
4.
Rodar o programa NEIGHBOR (grupo externo seqüência 1)
neighbor
nome_do_arquivo.out
mv outtree nome_do_arquivo.tre
5.
Montar a árvore
como imagem ou pdf usando a página Phylodendron (http://iubio.bio.indiana.edu/treeapp/treeprint-form.html).
Opção cladograma
Quantos ramos o nó
mais basal da arvore apresenta?
Página do Phylip para
rodar no windows
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
ou /home/leandro/phylip
SEQÜÊNCIAS:
/home/leandro/lista2
COG0026
à Dupla 01
COG0036
à Dupla 02
COG0063
à Dupla 03
COG0071
à Dupla 04
COG0125
à Dupla 05
COG0134
à Dupla 06
COG0152
à Dupla 07
COG0217
à Dupla 08
COG0244
à Dupla 09
COG0224
à Dupla 10
COG0264
à Dupla 11
COG0276
à Dupla 12
COG0301
à Dupla 13
COG0313
à Dupla 14
COG0340
à Dupla 15
COG0345
à Dupla 16
COG0350
à Dupla 17
COG0448
à Dupla 18
COG0450
à Dupla 19
COG0455 à Dupla 20
6. Unigene:
7. Digital Differential Display e Sage
Anatomic Viewer