UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS

INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

LISTA 2 DE EXERCÍCIOS DE BIOINFORMÁTICA

1. Fazer o alinhamento das seqüências usando o software CLUSTALW e salvar no formato PHYLIP (parâmetros -OUTPUT=PHYLIP -OUTFILE=nome_do_arquivo.phy).

/home/clustalw/clustalw2

Quantas seqüências foram alinhadas?

Qual o tamanho do alinhamento?

Lembre do formato PHYLIP que ira ajudar na resposta.

2. Rodar o programa SEQBOOT (pacote do phylip). O programa seqboot faz teste para

saber a confiança dos dados encontrados através de reamostragem.

Página do Phylip para rodar no Windows http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

ou você pode rodar do /home/leandro/phylip.

Lembre de renomear o arquivo de saída outfile para nome_do_arquivo.boot!!!

Usaremos no próximo programa.

Comando para renomear

mv nome_antigo nome_novo

seqboot

nome_do_arquivo.phy

número de replicas 100

seed (número aleatório que ele irá pedir) 655757555

3. Rodar o programa PRODIST (pacote do phylip).

protdist

nome_do_arquivo.boot

nome_do_arquivo.out

Lembre de renomear o arquivo de saída outfile para nome_do_arquivo.out!!!

Usaremos no próximo programa.

4. Rodar o programa NEIGHBOR (grupo externo seqüência 1)

neighbor

nome_do_arquivo.out

mv outtree nome_do_arquivo.tre

5. Montar a árvore como imagem ou pdf usando a página Phylodendron (http://iubio.bio.indiana.edu/treeapp/treeprint-form.html).

Opção cladograma

Quantos ramos o nó mais basal da arvore apresenta?

Página do Phylip para rodar no windows

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

ou /home/leandro/phylip

SEQÜÊNCIAS:

/home/leandro/lista2

COG0026 à Dupla 01

COG0036 à Dupla 02

COG0063 à Dupla 03

COG0071 à Dupla 04

COG0125 à Dupla 05

COG0134 à Dupla 06

COG0152 à Dupla 07

COG0217 à Dupla 08

COG0244 à Dupla 09

COG0224 à Dupla 10

COG0264 à Dupla 11

COG0276 à Dupla 12

COG0301 à Dupla 13

COG0313 à Dupla 14

COG0340 à Dupla 15

COG0345 à Dupla 16

COG0350 à Dupla 17

COG0448 à Dupla 18

COG0450 à Dupla 19

COG0455 à Dupla 20

6. Unigene:

• O Unigene é tb uma fonte organizada de bibliotecas. Na página inicial, clique em Sacharum officinarum e explore Library Browser.
• Abra o registro da biblioteca de meristema Lib 12027. Faça o download das seqüências. Descarregue tb uma biblioteca de raiz Lib 12047.
• Transfira para a sua conta na maracatu com o programa Secure FTP (use QuickConnect)
• Abra a de meristema com vi $vi lib12027, substitua “>” por “>meristema” assim “:%/>/>meristema/g” e também faça a substituição no caso da raiz. Isso permitirá identificar as seqüências nos clusters.
• Junte ambas com cat lib12027 lib12047 > arquivo e rode um TGICL: $tgicl arquivo. Inspecione os singlets. Inspecione tb os clusters para saber se são mistos. Faça um relatório qualitativo.

7. Digital Differential Display e Sage Anatomic Viewer

• Faça uma comparação entre tumoral contra normal (humanos), de sua preferência.
• Descreva a expressão de cinco genes de interesse, relatando a ocorrência por cada milhão
• Utilize o identificador Unigene para pesquisar a freqüência de SAGE-Tags em diferentes tecidos.
• Compare a expressão estimada pelas duas tecnologias, discuta a redundância de SAGE-Tags.