Lista de exercícios módulo 1

Você deve mandar um email para biodados@gmail.com informando os nomes da dupla de alunos. Após enviar o nome você receberá um número de identificação das seqüências da dupla a serem pegas aqui.

1. Execute os procedimentos abaixo:

A. Crie o diretório
projeto1

Dentro do /home/”nome_aluno”
B. Dentro do diretório /home/”nome_aluno”/projeto1 crie os diretórios
chromat_dir
edit_dir
C. Copie o conteúdo do diretório /home/leandro/projeto1 (seqüência específica de cada dupla) para o diretório /home/”nome_aluno”/projeto1/chromat_dir

D. Copie o arquivo vetor.fasta /home/leandro/projeto1/vetor.fasta para o diretório /home/”nome_aluno”/projeto1

2. Rode o programa phred sem o parâmetro trim_cutoff. Qual o tamanho de cada uma das seqüências do projeto1? Lembre de rodar o programa phred dentro do diretório edit_dir!

3. Crie uma tabela com os tamanhos das seqüências (projeto1) de phred8 (0,16), phred10 (0,1) phred15 (0,032) e phred20 (0,01) e descreva os resultados.

4. Rode o programa cross_match (minmatch = 12 –minsacore = 20 penalty = -3) para o arquivo saída do phred (exercício 2) usando o arquivo vetor.fasta. Qual o tamanho de cada um das seqüências?

5. Rode o programa BLAST (BLASTn, Database = nucleotide collection = others) . www.ncbi.nih.nlm.gov

Para cada um das seqüências (exercício 4) crie uma tabela com os resultados mostrando:
A. Anotação (primeiro hit)
B. Número de Gaps
C. Porcentagem de identidade
D. Score
E. E-value