1. Quais são as duas formas principais nas quais um plasmídio obtido de uma miniprep
aparece em uma eletroforese em gel de agarose? Como é possível sugerir que
plasmídios diferentes possuem insertos diferentes a partir da análise da eletroforese?

2. O que acontece com as duas formas do plasmídio relacionadas na questão 1 quando
o mesmo é digerido com uma enzima de restrição que corte o plasmídio a 5’ (ou a
3’) do inserto? Qual é a melhor maneira de determinar o PM dos diferentes
plasmídios?

3. Quais seriam as duas maneiras de isolar os insertos dos plasmídios?

4. Digamos que os insertos desses plasmídios representassem cDNA de T. cruzi clonado nos plasmídios e que os insertos fossem seqüenciados
parcialmente a partir das extremidades apenas 1 vez. Que nome se dá a esse produto
de seqüenciamento?

5. Determine o número de ESTs dos organismos abaixo presentes na data atual no
GenBank: Homo sapiens, Mus musculus, Oryza sativa, Zea mays, Bos taurus,
Xenopus tropicalis, Arabidopsis thaliana, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis
elegans, Schistosoma mansoni. Use gbdiv_est [PROP] para delimitar a pesquisa.

6. Compare o múmero de ESTs com o número de entradas protéicas existentes para os
organismos acima e identifique projetos onde a caracterização de proteínas está
atrasada com relação ao número de ESTs geradas. O que acontece se a pesquisa do
número de entradas protéicas for limitada à base de dados RefSeq? Use a opção
“Limits”: “only from” - “RefSeq” do menu, ou diretamente srcdb_refseq[PROP].

7. Quais as duas modalidades de BLAST que poderiam ser usadas para identificar
ESTs de Homo sapiens homólogas a ESTs de Arabidopsis thaliana e qual delas
seria mais eficiente? Considere que ESTs são seqüências de nucleotídeos e inclua
em sua discussão a conservação evolutiva das regiões codificadoras versus a das
seqüências de aminoácidos.

8. Utilizando o site Taxonomy (NCBI), verifique como está progredindo a
caracterização 3D das proteínas dos organismos em questão. Alternativamente,
verifique quantas entradas existem em “Structure” para esses organismos. Selecione
uma entrada de cada organismo e gere uma apresentação PowerPoint (use RasMol e
exporte GIF).