GD1 - BIOMOL

1. Escreva uma fita de DNA codificadora (similar ao RNA, exceto que com Ts ao invés de Us) de 150 nucleotídeos de extensão (30 bases por linha, na orientação 5'-3') e que codifique para uma proteína de EXATAMENTE 41 aminoácidos.

2. Escreva a seqüência de bases de um oligonucleotídeo composto pelos primeiros nucleotídeos da região codificadora da fita de DNA escrita no item 1, de modo que a temperatura de fusão (“melting temperature”) seja próxima de 60ºC (considere 2ºC para cada A ou T e 4ºC para cada C ou G agregado ao oligonucleotídeo).

3. Use a imaginação (peça ao professor para contar por quê a escultura de leão custa 10 dólares na Jamaica enquanto a do Rastafari custa 5 dólares) para escrever a seqüência de bases de um oligonucleotídeo complementar à fita desenhada no item 1, capaz de iniciar a síntese de uma fita complementar à codificadora (logo, fita molde) a partir do final da região codificadora INCLUINDO o STOP CODON.

4. Calcule o número de fitas de DNA produzidas utilizando-se os oligonucleotídeos acima por 10 reações seguidas e iniciando o experimento com apenas 1 dupla-fita de DNA.

5. Proponha um nome para este procedimento.

6. Relacione todos os outros reagentes necessários para essa reação, preocupando-se com o pH, catalisadores, co-fatores, precursores, energia, etc.

7. Imagine que seu objetivo seja produzir DNA marcado radioativamente, para ser utilizado como sonda radioativa em experimentos de biologia molecular. Qual reagente poderia ter o fosfato substituído por fosfato radioativo e qual a posição desse fosfato na molécula?

8. Imagine que seu objetivo seja produzir DNA marcado não radioativamente e seja possível detectá-lo com um composto que liga fortemente em biotina. A biotina pode ser sintetizada ligada a um braço de 11 carbonos, o qual pode ser conectado à posição 5 da base U. Como seria possível fabricar a sonda de DNA biotinilada?

9. Como é possível modificar geneticamente uma levedura sem que o DNA exógeno seja integrado em seu genoma? Como é possível obter grandes quantidades do DNA que será introduzido na levedura?

10. Trabalho para casa: cada grupo deve enviar até as duas da manhã da próxima terça-feira CINCO perguntas relativas à matéria dada, com as respectivas RESPOSTAS, para o e-mail biodados@gmail.com com assunto do e-mail = biomol As melhores questões poderão ser utilizadas na prova. Todas as questões e respostas estarão na web as duas da manhã da terça. Junto com as questões e respostas, deverá ser entregue a resposta dos itens 1-6 desta folha. Os pontos do GD serão dados por pelo trabalho entregue e participação.