A subunidade sigma da RNA pol é responsável pelo direcionamento dessa enzima às regiões promotoras de interesse. Sua importância adaptativa está relacionada com "respostas" a eventuais mudanças do meio, que de alguma forma diminuiriam o fitness da bactéria. Quando, por exemplo, uma bactéria é submetida a um choque térmico, um fator sigma específico direciona a RNA pol para regiões promotoras de genes responsáveis pela expressão de uma resposta a este choque. O mesmo acontece quando a bactéria está presente em um meio com baixa concentração de um nutriente, como nitrogênio: a RNA pol é direcionada a promotores de genes responsáveis pela síntese desses compostos. Esses "direcionamentos" a promotores aumentam a chance da bactéria superar tais adversidades, e assim se adaptar a um eventual novo meio.

2- Recentemente foi divulgado que a espécie humana possui apenas 30000 genes. Comente esta questão, levando em consideração a possibilidade de splicing alternativo.

A descoberta de apenas 30000 genes em humanos não reflete a dimensão correta do número possível de proteínas a serem sintetizadas. O splicing alternativo permite que uma única fita de RNA mensageiro recém sintetizado, sofra diversas possibilidades de processamento, aumentando consideralvelmente o número total possível de proteínas.

3- Em que condições uma adição ou deleção do DNA não altera a fase de leitura?

Adições e deleções no DNA não causam erro na fase de leitura quando são múltiplos de 3, pois representam a adição ou deleção de um ou mais códons inteiros.

Questão 1: Explique o funcionamento do footprint.

Uma ponta de uma cadeia de DNA é marcada com 32 P. Esse DNA marcado é então tratado com DNAse I de tal modo que cada fragmento seja cortado apenas uma vez. A mesma clivagem é feita após ter sido adicionada uma proteína que se liga a pontos específicos no DNA. A proteína ligada protege um segmento no DNA da ação da DNAse I. Assim, alguns fragmentos presentes na reação sem a proteína estarão ausentes. Estas faixas ausentes no paradao do gel identificam o ponto de igacao no DNA.

Questão 2: Comente a afirmativa: Transcrição e tradução são bem acoplados em procariotos enquanto que são separados em tempo e espaço em eucariotos.

A afirmativa é parcialmente verdadeira. Em procariotos o transcrito primário serve como RNA mensageiro e é usado imediatamente como molde para a síntese de proteínas. Em eucariotos o transcrito primário pode ser também imediatamente traduzido pelos RNA ribossômicos presentes no núcleo. Esse processo é responsável por, em média, 10% da tradução celular uma vez que a maior parte ocorre no citoplasma.

Questão 3: Justifique a afirmativa: As seqüências de aminoácidos de uma proteína de levedura e de uma proteína humana que desempenham uma mesma função foram vistas como sendo 60 % idênticas. Entretanto, as seqüências correspondentes de DNA são apenas 45% idênticas.

O código genético é degenerado, existe mais de um códon para um mesmo aminoácido. Logo, muitas mudanças de nucleotídeos não alteram a natureza do aminoácido codificado.

1) O que diz a teoria do splicing alternativo?

A teoria do splicing alternativo mostra que um mesmo mRNA pode dar origem a diferentes proteínas de acordo com o splicing alternativo que clivará o mRNA e unirá os fragmentos em diferentes ordens e tamanhos, originando diferentes proteínas a partir de um mesmo gene.

2) Por que a timina é utilizada no DNA e não a uracila?

O uso da timina no DNA é importante para melhorar a eficiência do mecanismo de reparo em eventuais erros. Isso porque a citosina pode sofrer desaminação e se transformar em uracila. Se o DNA tivesse a base U, o sistema de reparo não conseguiria reverter o erro, uma vez que não poderia identificar se aquele U é o normal ou é uma citosina que sofreu mutação.

3) Responda se as afirmativas abaixo são verdadeiras ou falsas. Justifique as que você considerar falsas.

a) A síntese do DNA e do RNA utiliza a energia da quebra dos fosfatos dos nucleotídeos trifosfatados. (V)

b) As proteínas SSB são responsáveis por diminuir a tensão rotacional gerada pela abertura da hélice na síntese do DNA. (F) J - A topoisomerase é responsável por essa tarefa.

c) As células de mamíferos possuem origens de replicação definidas e constantes desde o início do ciclo celular. (F) J - No início do ciclo celular qualquer lugar pode ser origem de replicação. No meio da fase G1 do ciclo celular as células definem quando e onde devem ocorrer as regiões específicas para origem de replicação.

d) O mRNA processado tem duas pontas 3’. (V)

e) O teste AMES é utilizado para testar a eficiência do sistema de reparo de mutações. (F) J - O teste AMES é utilizado para saber se uma droga é mutagênica através da sua capacidade de reverter mutação.

1- Qual(is) o(s)mecanismo(s)existente(s), além das pontes de hidrogênio entre os pares de base que ajudam na conferência dos mesmos?

Os mecanismo é: Verificaçao lateral, através da formação de uma alça de arginina e glicina pela fenda lateral e mudança conformacional de conferência.

2-De onde vem a energia para a síntese de DNA?

Da quebra de pirofosfato presente na posição 5' dos dNTP's.

3- Explique o sistema de checkpoint e defina as fase que mais necessitam deste sistema.

Quando o reparo acontece, o ciclo celular é bloqueado, evitando que prováveis erros sejam passados para as células dependentes. As fases mais sensíveis são: 'S', porque é onde ocorre a duplicação celular, e a fase entre G2-Mitose, para que a célula nao entre em divisão com erro.

1) Qual o papel do fosfato, dos açúcares e das bases nitrogenadas nos nucleotídeos integrantes da fita de DNA?

Os fosfatos e açúcares têm papel estrutural na formação da fita unifilamentar, enquanto as bases ligam as fitas formando a dupla hélice.

2) Quais as funções das RNA polimerases I, II e III?

3) Cite duas funções dos fatores de transcrição.

Os fatores de transcrição são responsáveis por separar (abrir) a cromatina e aumentar a velocidade da transcrição ao se ligarem na fita a ser transcrita.