Acesso remoto a servidores e introdução ao linux

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Configurar servidor (TAREFA)

Sistema operacional:

1. CentOS (distribuição gratuita do RedHat Enterprize)
2. Fedora
3. Ubuntu

Como se conectar a partir de Windows:

1. Troca de arquivos: Secure Shell
2. Conexão direta SSH: Putty

Comandos Linux:

1. Veja aqui

Entrando numa conta no servidor:

2. Abra o programa Putty
3. Complete o campo Host name com maracatu.icb.ufmg.br e mude Protocol para SSH
4. Complete o campo Saved sessions com maracatu
5. Clique o botão Save
6. De agora em diante clicando maracatu o terminal abre
7. Logue como curso, pegue a senha na aula
8. Vamos exercitar alguns comandos
1. $mkdir seunome (não use acentos, maiúsculas, espaços)
2. $ls – lista o conteúdo
3. $cd seunome
4. $mkdir teste
5. $ls
6. $cd .. (olha os dois pontos ai gente!!!)

Editor de texto online (vi):

9. $ls /home/treinamento
10. $more /home/treinamento/aldolase.cds
11. $cd seunome
12. $cp /home/treinamento/aldolase.cds . [opag] pergunte na aula sobre o “dedinho do bioinformata”
13. $ls
14. Nesse momento vc já ta se virando bem, falta só um poder: editar o aquivo lá no servidor
15. $vi aldolase.cds
16. Para entrar no INSERT MODE digite “i”
17. Troque o nome da seqüência para >teste
18. Pra salvar tecle ESC + dois pontos (:) e x!
19. $more aldolase.cds
20. $mv aldolase.cds aldolase.hsa
21. Belo treino!
22. Agora pegue uma seqüência de mioglobina no NCBI (veja como na aula)
23. Send to File
24. Abra com bloco de notas
25. Digite no terminal: $vi mioglobina
26. Copie do bloco de notas
27. Botão da direita no terminal cola!!!!!!!!
28. Sai como antes EXC + : + x!
29. Agora vc sabe tudo!

O melhor de todos os comandos: grep

1. $ls /home/treinamento/db
2. $more /home/treinamento/db/hsa.ORESTES (aperte “q” para sair)
3. $cat /home/treinamento/db/hsa.ORESTES | grep “>” | more
4. $cat /home/treinamento/db/hsa.ORESTES | grep “>” –c
5. Pronto agora vc sabe contar seqüências num arquivo

BLAST no NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• Clique em BLAST e em nucleotide BLAST
• Mude para Others (nr etc) – acham que todo mundo só analisa humanos...
• Mude para Somewhat similar sequences (blastn)
• $more aldolase.hsa selecione com o mouse e cole na janela do BLAST
• Rode o programa, explore a coluna score, clique nela, olhe o E-value
• E-value é o número de alinhamentos melhores que apareceriam sem homologia, para sentir isso, submeta cinco linhas de bases aleatórias no formato FASTA:

>seunome

acgatcgatcgatcgatcgatcgtagctacgtacg....

Analisando ORESTES:

• BLAST: $blastall –p programa –i sequencias –d base –e 1e10 –F F –b 1 –a 4 –m 8 –o saida_m8 &
• p=programa: tblastn, etc.
• i=entrada: query
• d=database: tem que estar formatada
• e=E-value: o número de alinhamentos iguais ou melhores que pode ser obtido sem homologia
• F: low complexity filter,
• b: o número de alinhamentos reportados para cada query
• a:  número de processadores, use –a 4
• m: é o tipo de saída, teste –m 8 e –m 9. –m 0 é a saída web
• o: é o nome que vc quer para a saída
• &: manda o job para o background
• Quando acabar de colocar pra rodar de um “top” para acompanhar.
• $blastall –p blastn –i aldolase.hsa –d /home/treinamento/db/hsa.ORESTES –e 1e-10 –F F –b 1000000000 –a 4 –o saida &
• $blastall –p blastn –i aldolase.hsa –d /home/treinamento/db/hsa.ORESTES –e 1e-10 –F F –b 1000000000 –a 4 –m 8 –o saida_m8 &
• Compare as duas saídas.
• $cat saída_m8 | awk ‘{print $2}’ | sort | uniq | wc

Analisando a glicólise (idem acima com –m 8)

• $blastall –p tblastn –i /home/treinamento/db/hsa.glicolise –d /home/treinamento/db/hsa.ORESTES –e 1e-10 –F F –b 1000000000 –a 4 –m 8 –o saida_m8_glicolise &
• $cat saída_m8_glicolise | awk ‘{print $1}’ | sort | uniq –c | more

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