1. Baixar o programa Secure SSH do link http://cromatina.icb.ufmg.br/ssh

2. Utilizar o programa de SSH Secure File Transfer (pasta amarela) para se conectar à servidora biotec, criar um diretório para o experimento (ex.: placa 3) e dentro dele um diretório chromat_dir e transferir para este diretório chromat_dir os arquivos .esd ou o arquivo zipado.

3. Criar um diretório edit_dir e transferir para ele os arquivos de vetores

4. Desligar a conecção FTP (fechar o programa)

5. Utilizar o programa SSH Secure Shell (branco com bolinhas) para se conectar à servidora cachoeira caso esteja fora da UFMG ou diretamente à servidora biotec

6. Mudar para o diretório chromat_dir em questão (use “ls” e “cd”) e, se os arquivos .esd estiverem zipados, use “unzip arquivo.zip” (delete o zipado com “rm arquivo.zip”)

7. Mude para o diretório edit_dir (use cd ..)

8. Rode o PHRED:

%phred -id ../chromat_dir -trim_alt “” -trim_cutoff 0.16 -st fasta -trim_fasta -sa experimento &

9. Verifique o resultado com “more experimento”

10. Rode o primeiro crossmatch:

cross_match experimento vetor1 -minmatch 12 -minscore 20 -penalty -2

-screen > arquivo_de_log1

Atenção: a saída desejada é arquivo_phred.screen

11. Renomeie para experimento1.vetor1:

mv arquivo_phred.screen experimento1.vetor1

12. Rode o segundo crossmatch caso a construção tenha um vetor dentro de outro

cross_match experimento1.vetor1 vetor2 -minmatch 12 -minscore 20 -penalty -2

-screen > arquivo_de_log2

Agora seu arquivo desejado é experimento1.vetor1.screen

13. Mude o nome para experimento1.vetor2:

mv experimento1.vetor1.screen experimento1.vetor2

14. Avalie se há repetições usando blastall:

%formatdb –i experimento1.vetor2 –pF –o T

%blastall –i experimento1.vetor2 –d experimento1.vetor2 –p blastn –o saída –m 8 &