Treinamento
em Bioinformática 2008
Kegg,
PDB e VAST
Kegg Pathway:
Kegg BRITE:
- Agrupa por razões diferentes: Ortologia, Famílias, Compostos, etc.
Kegg Orthology:
- Navegue
pelos agrupamentos de genes homólogos por categorias. Que tal encontrar
receptores Toll?
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
01400 Cellular Processes
01460 Immune System
04620 Toll-like receptor signaling pathway [PATH:ko04620]
K05398 TLR1; toll-like receptor 1
- Agrupa
ortólogos e parálogos. Abordagem prática
buscando uma via e analisando sua expressão em bibliotecas de cDNA diferentes.
Kegg Services:
Psort – localização
Gene Ontology (GO Terms) [go de ir, não é gi-ô]
- Base é o Uniprot
- Informação vem do GO
- As go-go girls de Cambridge tem o
projeto GOA (GO Assocition) e atribuem GO terms a entradas Uniprot
- Use a PCT
com a “sample” para um BLAST na base GOA,
tornada local no Lab Biodados.
- Clique no link para AmiGO para verificar a hierarquia do GO:0004618.
Veja todas as kinases (
clicando em 6092 seqüências)
- Arrume o filtro para mostrar apenas cinases
de Bos taurus e
clique em Set
filter
- Aproveite e clique em See a similarity tree
na PCT (é
igual à aula de fazer árvores)
Structure Viewers:
VAST
- Vizinhos estruturais do PDB
- Entre no NCBI, clique em Structure e Search for
2CE2. Clicando na foto vc vê o registro. Note o
ID MMDB 40747. O que é MMDB?
- Clique no link VAST dessa
proteína. Ela só tem opção “entire chain” mas algumas tem domínios que têm
vizinhos.
- Selecione LIST para
mostrar Non-identical seq.
e ordene pelo VAST E-value.
- Selecione as quatro
melhores e View Sequence Alignment.
- Agora clique em View 3D Alignment
com a opção para Save file. Abra com Cn3D. Mude
a visão para spacefill
e marque com o mouse os lugares das mutações.
- Para terminar, baixe o
arquivo 2DML.pdb. O
melhor jeito é ir para o PDB cliacando em 2DML e
usar o ícone de download.
- Depois submeta-o ao VAST Search.
E-mail Miguel