Treinamento em Bioinformática 2008


Clustering and assemblage PHRAP Cap3 e TGICL


 

PHRED de sequencias de escorpião:

 

Cap3:

·        A sintaxe de Cap3, um programa de “assemblage de contigs” que gera consenso, é simples $cap3 <arquivo>

·        Mas vamos antes criar um diretório $mkdir cap3 e vamos COPIAR $cp tytius* cap3/ e ir lá $cd cap3 e olhar $ls

·        Prontos pra rodar? $cap3 tytius [se o arquivo .qual tiver o mesmo nome do dos fastas (e tem), o cap3 tomaticamente usa ele].

·        Vamos fazer um BLAST

·        $blastall –p blastx –i tytius.screen –d /home/treinamento/db/uniprot_not_frag –e 1e-10 –m 9 –o tytius_uniprot –a 4

 

TGICL:

·        Ele faz um megaBLAST de todos contra todos e depois pega quem é igual entre si e faz Cap3

·        Use para projetos grandes

·        $cd .. $mkdir tgicl $cp tytius* tgicl/ $cd tgicl

·        Vamos rodar: $tgicl tytius

·        Inspecione o arquivo tytius.clusters

·        Entre em asm_1

·        Inspecione o arquivo contigs e o arquivo singlets

·        ARQUIVO COM ESTs humanas: vamos usar TGICL!

 

PHRAP:

·        $mkdir puc | $cd puc | $copy /home/treinamento/cromatos/projeto_pUC/* . [OPAG!]

·        Gere os reads com PHRED 10

·        Vamos usar o PHRAP da biotec como user lab

 

PSI-BLAST:

·        Compare com: $blastall –p tblastn –i fosfogliceromutase_Ecoli –d ORESTES.hsa –e 1e-10 –a 4 –m 8 –o saída.blosum &

 


$ /usr/local/BLAST/blast-2.2.17/bin/blastpgp -i fosfogliceromutase_Ecoli
-d db/uniprotkb_not_frag_1194900 -j 10 -a 4 -h 1e-5 -e 1e-5 -m 9 -o

uniprot_pld &

$ cat uniprot_pld | awk '{print $2}' | sort | uniq -c | sort -n -r -k 1,1

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