Clustering and assemblage PHRAP Cap3 e TGICL
PHRED de sequencias de escorpião:
Cap3:
· A sintaxe de Cap3, um programa de “assemblage de contigs” que gera consenso, é simples $cap3 <arquivo>
· Mas vamos antes criar um diretório $mkdir cap3 e vamos COPIAR $cp tytius* cap3/ e ir lá $cd cap3 e olhar $ls
· Prontos pra rodar? $cap3 tytius [se o arquivo .qual tiver o mesmo nome do dos fastas (e tem), o cap3 tomaticamente usa ele].
· Vamos fazer um BLAST
· $blastall –p blastx –i tytius.screen –d /home/treinamento/db/uniprot_not_frag –e 1e-10 –m 9 –o tytius_uniprot –a 4
TGICL:
· Ele faz um megaBLAST de todos contra todos e depois pega quem é igual entre si e faz Cap3
· Use para projetos grandes
·
$cd
.. $mkdir tgicl $cp tytius* tgicl/
$cd tgicl
·
Vamos rodar: $tgicl tytius
· Inspecione o arquivo tytius.clusters
· Entre em asm_1
· Inspecione o arquivo contigs e o arquivo singlets
· ARQUIVO COM ESTs humanas: vamos usar TGICL!
PHRAP:
· $mkdir puc | $cd puc | $copy /home/treinamento/cromatos/projeto_pUC/* . [OPAG!]
· Gere os reads com PHRED 10
· Vamos usar o PHRAP da biotec como user lab
PSI-BLAST:
· Compare com: $blastall –p tblastn –i fosfogliceromutase_Ecoli –d ORESTES.hsa –e 1e-10 –a 4 –m 8 –o saída.blosum &
$ /usr/local/BLAST/blast-2.2.17/bin/blastpgp -i fosfogliceromutase_Ecoli
-d db/uniprotkb_not_frag_1194900 -j 10 -a 4 -h 1e-5 -e 1e-5 -m 9 -o
uniprot_pld &
$ cat uniprot_pld | awk '{print $2}' | sort | uniq -c | sort -n -r -k 1,1