Treinamento em Bioinformática 2008

---

PHRED = base caller; cross-match e seqclean para limpar vetor

---

Primeira parte – PSI-BLAST:

• More linha_psi: $/usr/local/BLAST/blast-2.2.17/bin/blastpgp -i fosfogliceromutase_Ecoli -d hsa.pdb -e 10 -h 1e-5 -j 10 -a 4 -o saida.glicoecoli.pdb -m 9 &
• Onde –h controla o E-value para participar da próxima iteração, -j o número de iterações
• Agora vamos buscar ORESTES (nt) usando uma matriz pssm criada contra o nr, em duas etapas:
• $blastpgp -i fosfogliceromutase_Ecoli -d nr -h 1e-5 -j 10 -a 4 -o saida.nr -m 8 –C matriz.chk &
• $blastall –p psitblastn –i fosfogliceromutase_Ecoli –d hsa.ORESTES –e 1e-10 –a 4 –m 8 –R matriz.chk –o saída.pssm &
• Compare com: $blastall –p tblastn –i fosfogliceromutase_Ecoli –d ORESTES.hsa –e 1e-10 –a 4 –m 8 –o saída.blosum &

Segunda parte – Instalação PHRED:

• $ cat phred-dist-020425.c-acd.tar | tar xvf -
• $ make
• $ colocar como global (demonstração) e exportar a variável parâmetros (seguir manual)

Terceira parte – parametros phred:

· Veja nos tutoriais da turma passada.

· Copie arquivos de seqüenciamentos: $mkdir cromatos $cd cromatos $ls /home/treinamento/cromatos. Crie os diretórios de projeto, o diretório vetor e copie todo o conteúdo de cromatos.

· O PHRED usa os .esd dentro de chromat_dir: em cada projeto crie um, $mkdir chromat_dir $mv *esd chromat_dir/

· Rode de dentro de edit_dir: $cd edit_dir e use como entrada o diretório chromat_dir assim:

· Linha: phred -id ../chromat_dir -sa teste –qa teste.qual

· Linha com trim: phred -id ../chromat_dir -trim_alt "" -trim_cutoff 0.16 -trim_fasta -sa teste –qa teste.qual

· Varie o valor de trim_cutoff e veja o que ocorre, salve como teste_valor

Quarta parte – cross_match:

· Trabalhar dentro de edit_dir: junte os vetores $cat vetor1 vetor2 > vetores,fasta

· cross_match nome_arquivo_saida vetor/vetores.fasta -minmatch 12 -minscore 20 -penalty -2 -screen > arquivo_de_log

· o resultado é o screen e não o log!

Quinta parte – seqclean:

· seqclean tirar o vetor ao invés de mascarar com X.

· formate o vetor pois é feito um BLAST: $formatdb –i vetor –p F –o T.

· Linha: $seqclean sequencias -v vetor -o saida

Para casa: identifique com blast no nr as seqüências do projeto_HaSH tratadas por cross_match ou seqclean

---

[treinamento@maracatu ~]$ ls

aldolase.cds db linha_rps

CDD fosfogliceromutase_Ecoli linhas_formatrpsdb

close_gates.exe linha_awk phred-dist-020425.c-acd.tar

Cp linha_blastall proteome.H10B

cromatos linha_psi

---

$ /usr/local/BLAST/blast-2.2.17/bin/blastpgp -i fosfogliceromutase_Ecoli
-d db/uniprotkb_not_frag_1194900 -j 10 -a 4 -h 1e-5 -e 1e-5 -m 9 -o

uniprot_pld &

$ cat uniprot_pld | awk '{print $2}' | sort | uniq -c | sort -n -r -k 1,1

---

E-mail Miguel