Treinamento em Bioinformática 2008

Seed Linkage:

Obtenha o Seed Linkage aqui. Entre em Downloads e copie o link “Scripts” para salvar com wget em sua pasta aula_seed.
Descompacte com $tar –xvzf seedlinkage.1.0.tar.gz
Vamos usar 3 agrupamentos COG que temos usado para gerar árvores. Entre na pasta que veio com o Seed Linkage chamada databases.
Copie o arquivo fasta para ela:

$cp /home/treinamento/aula_seed/cog.fasta . [opag]

· Vc tem que formatar a database:

$formatdb –i cog.fasta –p T –o T

· Por obséquio saia fora do databases $cd ..

· Copie o arquivo de informação taxonômica das seqüências

$cp /home/treinamento/aula_seed/cog.txid . [opag]

· Aproveite e copie o arquivo de informação de qual cog agrupa quais seqüências: cog.info

$cp /home/treinamento/aula_seed/cog.info . [opag]

Acesso ao MySQL:

· $ mysql -u Gabriel

· mysql> create database seunome

· mysql> show databases;

· mysql> use seu_nome;

· mysql> show tables;

· criar tabela para o Seed Linkage consultar os txid assim:

· mysql> create table txid (id varchar(15), txi varchar(8)); [atenção é txi mesmo]

· mysql> load data local infile '/home/seulogin/aula_seed/cog.txid' into table txid;

· Pronto! mysql>exit

Rodando o Seed Linkage:

Vamos utilizar todas as seqüências como Seed para formar o máximo de clusters, gerando o arquivo de Seeds assim:
$cat cog.txid | awk ‘{print $1}’ > seeds
Configure o Seed linkage:
$vi config.php e dê “i" para INSERT MODE
Troque $user=”username”; por $user=”gabriel”;
Troque $pwd=”password”; por $pwd=””;
Troque $mysql_db=”seedlinkage”; por $mysql_db=”seunome”;
Troque $table_mysql=”proteomes”; por $table_mysql=”txid”;
Troque $multifasta_path=”./databases/proteomes.fasta”; por $multifasta_path=”./databases/cog.fasta”;
Troque os caminhos dos binários blastall, fastacmd e formatdb para como está na macacatu: /usr/local/BLAST/blast-2.2.17/bin/blastall
Agora vamos rodar com screen para poder sair do terminal
$screen php batch_seed_linkage.php –i seeds –d cog.fasta –r 50 –s 50 –c 50 –l 0.3
Para destacar do screen dê control + A; control + D. Para restaurar ao terminal dê screen –rf. Qdo acabar acabou.
Olhe a saída seeds.clusters. Vamos juntar os clusters sobrepostos (desambiguar!):
$php evaluate_similarity.php seeds.clusters

Análise dos resultados:

Olhe o resultado seeds.clusters.disambiguated e ache lindo
Vamos colocar ela em banco
$ mysql -u gabriel
mysql> use seu_nome;
mysql> show tables;
criar tabela assim:
mysql> create table result_sl (cluster int(11), txid varchar(8), uniprot_ac varchar(15));
mysql> load data local infile '/home/seulogin/aula_seed/seeds.clusters.disambiguated' into table result_sl;
criar tabela com o cog.info que já baixamos
mysql> create table info (uniprot_ac varchar(15), txid varchar(8), cognum varchar(10), description text);
mysql> load data local infile '/home/seulogin/aula_seed/cog.info’ into table info;
Vamos consultar qual cluster Seed Linkage é de qual COG
mysql> select result_sl.uniprot_ac, result_sl.cluster, info.cognum from result_sl, info where result_sl.uniprot_ac = info.uniprot_ac order by cluster;
Compare os clusters COG e Seed Linkage
Pronto! mysql>exit