Usando dbEST para construir Unigene
Contigs de ESTs:
$blastall
–p blastx –i contigs –d /home/treinamento/db/uniprot_not_frag –m 9 –b 5 –a 4 –e
1e-10 –o saída &
Inspecionando o Unigene na Web
DDD: Digital Differential Display by Unigene e a estorinha do Hs.447330
· Selecione Homo sapiens e aperte o botão [Continue]
· Edite new pool para BRAIN e selecione todas as entradas de brain. Clique [Continue]
· Agora edite o pool B para HEART e selecione todas as bibliotecas de HEART e [Continue]
· Verifique a expressão diferencial dos primeiros clusters (clique nele e dentro de seu ”report” clique em Expression Profile)
Unigene Local
· Ta cheio de uso local? Faça um BLAST no NCBI desta EST e descubra o Unigene dela (Hs.2).
· É mas tem hora que não tem jeito. Veja a área de FTP do Unigene. Entre em Homo sapiens. Faça o download de Hs.seq.uniq.gz com wget e descompacte com gunzip arquivo. Este arquivo está formatado em /home/treinamento/db. Vc pode agora fazer um BLAST da EST e descobrir o Unigene dela!!!
SAGE
É um método de documentação de tags de mRNA
constituídas das bases subseqüentes (um número pequeno, cerca de dezenas) ao
último sítio de uma dada enzima de restrição.
· Entre em SAGE Anatomic Viewer
· Entre com o gene symbol da catalase "CAT" e veja a tag para catalase, mapeada em 3 fontes diferentes.
· Outra possibilidade é entrar com o identificador Unigene, exemplo Hs.25647
· Clique no hominho e nos outros símbolos e verifique a expressão diferencial em tecido normal e tumoral.
· Qual o número de Tags normal para a catalase? Compare com a contagem feita pelo Unigene.
· É possível também, similarmente ao DDD, comparar a freqüência de SAGE Tags e fazer download das Tags
PSI-BLAST:
Compare com: $blastall –p tblastn –i fosfogliceromutase_Ecoli –d ORESTES.hsa –e 1e-10 –a 4 –m 8 –o saída.blosum &