AULA 1

Acesso remoto a servidores e introdução ao linux

Sistema operacional Linux (distribuições) Como se conectar a partir de Windows: Nos Macs e Linux, basta abrir um terminal (konsole) e digitar: Escolha um login sem usar maiúsculas nem espaços, por exemplo: anah_carolina; cris_mello; fcosta; msouza.
Quando estiver conectado por ssh e quiser saber quem mais está trabalhando na máquina, use o comando who.
Como nos conectamos a várias máquinas com vários logins, as vezes precisamos digitar whoami para lembrar como nos conectamos. Mas dois comandos precisam ser usados sempre:
Quando logamos em uma máquina estamos em /home/usuario, que equivale à pasta Meus Documentos do seu usuário.
De casa ou do lab usando windows configura o Putty assim:
  1. Abra o programa Putty
  2. Complete o campo Host name com 143.107.223.182 e mude Protocol para SSH
  3. Complete o campo Saved sessions com tbioinfo (treinamento bioinformática)
  4. Clique o botão Save
  5. De agora em diante clicando tbioinfo o terminal abre
  6. Logue como bio2014 (pegue a senha na aula)
No terminal LINUX (ou Mac)
Vamos abrir uma conex*atilde;o ssh como bioufmg na máquina desse IP = 143.107.223.182
  1. ssh bioufmg@143.107.223.182
  2. e digite a password dada em aula
  3. pwd - vc vai ver onde está
  4. ls - nesse momento pode não haver o que listar, mas sempre é importante ver o que tem, ou não tem, na pasta.
  5. crie um diretório nomeando-o com o seu login: mkdir eusoujacu
  6. dá um ls, dá dá um ls!
  7. entre no seu diretório com cd eusoujacu
  8. dando um pwd vc deve ver /home/bioufmg/eusoujacu
  9. suba de volta um diretório com cd .. - esses dois pontos significam diretório acima, então esse comando manda mudar para o diretório acima (change directory to upper directory)
Outros comandos:
  1. ls /home/treinamento/
  2. cp /home/treinamento/lyrics . (copia o arquivo lyrics para o diretório presente, perceba o ponto que representa presente diretório)
  3. mkdir teste (cria o diretório teste)
  4. mv lyrics /teste (move o arquivo lyrics par ao diretório teste)
  5. cd teste (entra no diretório teste)
  6. mv lyrics letra (troca o nome do arquivo)
  7. rm letra (remove o arquivo letra)
  8. ls -l (lista com mais informações)
  9. man ls (mostra o manual para o programa ls)
  10. more lyrics (imprime na tela o conteúdo do arquivo)
  11. less lyrics (idem, mas tem que dar "q" para sair/quit)
  12. q (interrompe o output do manual e do comando more do Linux)
  13. com o comando more move-se com barra de espaço ou "B", com o comando less com as setinhas do teclado
  14. head (imprime as primeiras linhas do arquivo)
  15. tail (imprime as últimas linhas do arquivo)
  16. tabulador e asterisco: são usados para nomes compridos. O tabulador completa o nome, o asterisco funciona como coringa, por exemplo more ly* imprimirá o conteúdo de lyrics.
Editor de texto online (vi):
  1. ls /home/treinamento/blast_aula/FASTAS/
  2. more /home/treinamento/blast_aula/FASTAS/GAPDH
  3. cp /home/treinamento/blast_aula/FASTAS/GAPDH
  4. ls
Nesse momento vc já tá se virando bem, falta um poder: editar o aquivo no servidor
  1. vi GAPDH
  2. Para entrar no INSERT MODE digite " i "
  3. Troque o nome da sequencia para >hsa
  4. Pra salvar tecle ESC + dois pontos (:) e x!
  5. more GAPDH
  6. mv GAPDH gapdh.hsa
  7. Agora pegue uma sequencia de mioglobina no NCBI (veja como na aula)
  8. Send to File
  9. Abra com bloco de notas
  10. Digite no terminal: vi mioglobina
  11. Copie do bloco de notas
  12. Botão da direita no terminal cola!!!!!!!!
  13. Saia como antes ESC + : + x!
O melhor de todos os comandos, grep
  1. ls /home/treinamento/blasta_aula/CDS
  2. less /home/treinamento/blasta_aula/CDS/h.sapiens.nuc
  3. cat /home/treinamento/blasta_aula/CDS/h.sapiens.nuc | grep aldolase
  4. contando as sequencias: cat /home/treinamento/blasta_aula/CDS/h.sapiens.nuc | grep ">" -c