COMO FAZER ALINHAMENTO MULTIPLO E ARVORES FILOGENETICAS

Uma alternativa a filogenia é a ocorrência taxonômica de grupos de ortólogos

Acesse o Kegg

Procure por Oct4 e abra o primeiro registro, um gene humano hsa:5460 e clique no KO dele

No Taxonomy do NCBI coloque os organismos todos em Common Tree

 

Arquivos

 

Os programas MEGA e PRANK estão em biodados.icb.ufmg.br/software/

Arquivos com as sequencias a serem usadas tambem

Alinhamento múltiplo pode ser feito com multialign online, onde pode-se obter uma figura ou um alinhamento fasta

Obtendo-se o alinhamento fasta, protdist do pacote phylip pode ser rodado online, sua saída por ser usada para análise com neighbor

A saída no formato newick pode ser usada para desenhar árvore no iTOL

 

Alinhamento Múltiplo

 

O Alinhamento Multiplo de Sequencias é feito geralmente com DNA ou proteínas.

 

Durante o alinhamento de nucleotídeos, são levados em consideração:a abertura de gaps, seu tamanho e os matches / mismatches para pontuar e definir o alinhamento final. No caso de aminoácidos, o sistema é mais complexo, pois alem de tudo isso se usa uma matriz de substituições para pontuar quão "semelhantes" (ou frequentemente encontrados alinhados) são os aminoácidos alinhados.

Assumimos que as sequencias envolvidas no alinhamento possuem uma relação evolutiva e provavelmente possuam um ancestral comum. Caso uma sequencia seja muito divergente, ela será recusada durante o processo. A inspeção do alinhamento pode revelar diferentes eventos evolutivos, como mutações pontuais, inserções-deleções (INDELS), regiões conservadas, possíveis sítios ativos de uma proteínas.

O método mais comumente usado para alinhamento múltiplo é o Alinhamento Progressivo, que por ser heurístico - mais rápido (consequentemente mais sujeito a falhas). Consiste em formar diversos alinhamentos par a par que se somam formando o alinhamento global final.

 

�         Vamos utilizar o algoritmo PRANK para criar nossos alinhamentos múltiplos.

�  Podemos usar a ferramenta na web:

�  http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/webprank/

�  Ou instalar em nossas maquinas:

�  http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/prankster/

 

�         Copie e cole o arquivo com fastas no web-prank. Não é necessário alterar os parâmetros por isso clique em START ALIGNMENT

�         Normalmente, é necessário tratar o alinhamento, processo que chamamos de trimming.

�         Visualize o alinhamento clicando em webPRANK

�         Faça o download do formato FASTA, esse arquivo será utilizado para criar uma árvore filogenética no MEGA.

 

Criando árvores com o MEGA

 

�         Abra o arquivo do alinhamento no formato FAST no MEGA

�         Agora precisamos converter para outro formato, para isso, vá em:

�         Data->Export Alignment->MEGA format

�         e salve o novo arquivo

�         Agora volte a tela principal do MEGA e no menu principal clique em:

�         Phylogeny-> Construct/Test Neighbor-joining tree

�         Faremos uma árvore sem e outra com Bootstrap.

�         Modifique livremente sua arvore!

 

�         Salve sua arvore utilizando a opção File -> Save current session

�         Salve também da seguinte forma: File -> Export current tree (Newick)

 

Criando árvores na web

 

�         Agora vamos conhecer o site http://itol.embl.de/index.shtml

�         Vá em DATA UPLOAD e carregue seu arquivo Newick escolhendo o tree format adequado e clique em UPLOAD logo abaixo.

�         Salve seu ID, um número exageradamente grande que aparece na sua tela caso queria editar sua árvore novamente mais tarde, ou vá direto para main Page display.

�         Divirta-se com a árvore e as diversas funções para modificá-la!