Disciplina Bioinformática - II semestre 2008
Programa:
14/08
– Acesso remoto a servidores e introdução
ao linux (Miguel)
21/08 – Processamento de leituras de seqüenciamento
(Miguel)
Phred/Phrap/Consed,
CAP3, SeqClean, Cross-Match
04/09
– Banco de dados de seqüências e busca de
similaridade (Miguel)
Blast,
MegaBlast, SWAT
11/09 – Estratégias
de sequenciamento e montagem de genomas completos (Daniella Bartholomeu) –
ATENÇÃO – aula no F2, sala 254.
18/09 – Acessando
genomas completos (Daniella Bartholomeu)
GeneDB,
TIGRDB, NCBI Genomic Biology, Ensembl Genome Browser
25/09 – Anotação e visualização de genomas (Daniella
Bartholomeu)
Artemis
e ACT
02/10 – Alinhamento múltiplo e clusterização de
seqüências (Miguel)
COG,
Kegg, GOA, Seed Linkage, MySQL
09/10 – Taxonomia
e Filogenia (Rodrigo Redondo)
ClustalW,
ClustalX, Phylip.
16/10 - Seminários
23/10 – Mapeamento
de transcriptoma (Glória Franco) - ATENÇÃO – aula no F2, sala 254.
EST,
microarray, SAGE
30/10 – Bancos de dados de transcriptoma (Miguel)
UniGene, GEO, SAGE Map Viewer, K-EST
06/11 – Análise
de seqüências de proteína (Daniella Bartholomeu)
Sinais
de localização subcelular, modificações pós-traducionais, motivos e
domínios (Pfam, InterPro, Prosite,
Smart)
13/11 – Cristalografia
(Ronaldo Nagem)
20/11 – Polimorfismo
de seqüências, bancos de dados de SNPs (Eduardo Tarazona)
27/11 – Seminários
04/12 – Avaliação
escrita
Distribuição dos pontos:
Seminários 25 pontos (em grupo)
Lista de exercícios
40 pontos (em duplas)
Avaliação escrita 35 pontos (individual)