Treinamento em Bioinformática 2008

---

GEO e a variação da expressão gênica em séries(GSE) processadas = Datasets (GPD)

---

Plataformas (GPL) hoje:

• in situ oligonucleotide (1374)
•  spotted oligonucleotide (1182)
•  spotted DNA/cDNA (1908)
•  antibody (5)
•  tissue (0)
•  MS (11)
•  SARST (1)
•  MPSS (12)
•  RT-PCR (7)
• oligonucleotide beads (56)
•  mixed spotted oligonucleotide/cDNA (6)
• spotted protein (4)
•  SAGE (55)
• Entre no GEO Browser e encontre uma plataforma para milho (Zea mays) comercial da empresa Affymetrix
• Depois encontre alguma plataforma comercial com miRNA no título. Leia a descrição das GPL e descubra quais séries GSE foram feitas com elas.

PLATFORM GPM é o sistema manufaturado, que pode ser usado por vários pesquisadores, com diferentes SAMPLE GSM em diferentes experimentos ou SERIES GSE. Quando a curadoria do NCBI tem tempo, cria uma DATASET GDS. Veja mais

Samples hj

• RNA (185296)
• genomic (33823)
• protein (675)
• SAGE (1028)
• mixed (1045)

Series e DataSets

• Procure em DataSets uma entrada com “Zea mays [organism] AND developemental stages”
• Estude o DataSet GSD4
• Estude a plataforma utilizada GPL12
• Veja que os dados processados são originários da série GSE141. Vc pode baixar o arquivo dela (wget) ou se quiser, baixar os dados de cada sample relacionada na página da série.
• Vamos brincar:
• Clique no desenho do microarranjo e encontre o botão uncheck all
• Escolha FOLHA e marque 4 dias e 8 dias na coluna esquerda = veja que ele seleciona experimentos da parte de baixo
• Na coluna da direita marque 4 dias em A e 8 dias em B, escolha A < B e a sensibilidade máxima
• Abra alguns PROFILES e avalie. Veja o que significam as barras e os pontinhos.
• Vamos procurar no GEO Browser um DataSet com miRNA? Explore GDS2614.

Buscando PROFILES

• Busque em profiles “nanog AND 1-cell” e explore o DataSet GDS813. Adicionando “AND nanog” vc chega ao profile.

BLAST GEO

SAGE

É um método de documentação de tags de mRNA constituídas das bases subseqüentes (um número pequeno, cerca de dezenas) ao último sítio de uma dada enzima de restrição.

• Entre em SAGE Anatomic Viewer
• Entre com o gene symbol da catalase "CAT" e veja a tag para catalase, mapeada em 3 fontes diferentes.
• Outra possibilidade é entrar com o identificador Unigene, exemplo Hs.25647
• Clique no hominho e nos outros símbolos e verifique a expressão diferencial em tecido normal e tumoral.
• SAGE Anatomic Viewer tb tem um Digital Northern (DN). Clique e veja.
• Qual o número de Tags normal para a catalase? Compare com a contagem feita pelo Unigene.
• É possível também, similarmente ao DDD, comparar a freqüência de SAGE Tags e fazer download das Tags.

Vermelho e Verde com Cluster e Javatree (Eisen Lab)

· Instale Cluster daqui (manual)

· Instale JavaTree daqui

· Abre uma planilha Excel

· Copie a expressão gênica tecidual dos seguintes Unigenes (por milhão) até ficar assim

Hs.544577, Hs.517145, Hs.513490, Hs.534770, Hs.75160

· Divida tudo pela GAPDH e tire o log na base 2. Explique o que isso faz?

LOG(D4/C4;2)

Agora prepare a saída txt tabulada usando apenas a coluna dos tecidos e as colunas com os logs. Fica assim!

Abra com Cluster

Escolha opções de cluster hierárquico

Abra o resultado com Javatree

Interprete

---

E-mail Miguel