GEO e a variação da expressão gênica em séries(GSE) processadas = Datasets (GPD)
Plataformas (GPL) hoje:
PLATFORM GPM é o sistema manufaturado, que pode ser usado por vários pesquisadores, com diferentes SAMPLE GSM em diferentes experimentos ou SERIES GSE. Quando a curadoria do NCBI tem tempo, cria uma DATASET GDS. Veja mais
Samples hj
Series e DataSets
Buscando PROFILES
É
um método de documentação de tags de mRNA constituídas das bases
subseqüentes (um número pequeno, cerca de dezenas) ao último sítio de uma dada
enzima de restrição.
Vermelho e Verde com Cluster e Javatree (Eisen Lab)
· Instale Cluster daqui (manual)
· Instale JavaTree daqui
· Abre uma planilha Excel
· Copie a expressão gênica tecidual dos seguintes Unigenes (por milhão) até ficar assim
Hs.544577, Hs.517145, Hs.513490,
Hs.534770, Hs.75160
· Divida tudo pela GAPDH e tire o log na base 2. Explique o que isso faz?
LOG(D4/C4;2)
Agora
prepare a saída txt tabulada usando apenas a coluna
dos tecidos e as colunas com os logs. Fica assim!
Abra com
Cluster
Escolha
opções de cluster hierárquico
Abra o
resultado com Javatree
Interprete