Agrupamentos: famílias pFam e clusters UniRef da base Uniprot
pFam: A curado B automáticos vindos do PRODOM
$rpsblast
–i teste_pfam -d /home/treinamento/CDD/Pfam -o <arquivo_de_saida> -e
0.001 –m 8 –a 4
$perl
/usr/local/pfam_scan/pfam_scan.pl –d /usr/local/db/pfam -o
<arquivo_de_saida> teste_pfam
Psort - localização
Vermelho e Verde com Cluster e Javatree (Eisen Lab)
· Instale Cluster daqui (manual)
· Instale JavaTree daqui
· Abre uma planilha Excel
· Copie a expressão gênica tecidual dos seguintes Unigenes (por milhão) até ficar assim
Hs.544577, Hs.517145, Hs.513490,
Hs.534770, Hs.75160
· Divida tudo pela GAPDH e tire o log na base 2. Explique o que isso faz?
LOG(D4/C4;2)
Agora
prepare a saída txt tabulada usando apenas a coluna dos tecidos e as colunas
com os logs. Fica assim!
Abra com
Cluster
Escolha
opções de cluster hierárquico: cluster gene + array e clique em Average
Linkage
Abra o
resultado com Javatree (ele salvou no diretório do arquivo de entrada =
desktop?)
Interprete