Disciplina Bioinformática - TUTORIAIS
Programa:
Aula 1 – Acesso remoto
a servidores e introdução ao linux
– TAREFAS
Aula 2 – Processamento
de leituras de seqüenciamento
Phred/Phrap/Consed, CAP3, SeqClean, Cross-Match
Aula 3 – Banco de dados
de seqüências e busca de similaridade
Blast, MegaBlast,
SWAT
Aula 4
– Alinhamento múltiplo e clusterização de seqüências
COG, Kegg,
Aula
6 – Bancos de dados de transcriptoma
UniGene, GEO, SAGE Map Viewer, K-EST
Aula 7 – Taxonomia e
Filogenia (Rodrigo Redondo)
ClustalW, ClustalX,
Phylip.
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Em
edição (acompanhe)
11/09 – Estratégias
de sequenciamento e montagem de genomas completos
(Daniella Bartholomeu) – ATENÇÃO – aula no F2, sala
254.
18/09 – Acessando
genomas completos (Daniella Bartholomeu)
GeneDB,
TIGRDB, NCBI Genomic Biology, Ensembl Genome Browser
25/09 – Anotação e visualização de genomas (Daniella Bartholomeu)
Artemis
e ACT
16/10 - Seminários
23/10 – Mapeamento
de transcriptoma (Glória Franco) - ATENÇÃO – aula no
F2, sala 254.
EST,
microarray, SAGE
06/11 – Análise
de seqüências de proteína (Daniella Bartholomeu)
Sinais
de localização subcelular, modificações pós-traducionais, motivos e domínios (Pfam, InterPro, Prosite, Smart)
13/11 – Cristalografia
(Ronaldo Nagem)
20/11 – Polimorfismo
de seqüências, bancos de dados de SNPs (Eduardo Tarazona)
27/11 – Seminários
04/12 – Avaliação
escrita
Distribuição dos pontos:
Seminários 25
pontos (em grupo)
Lista de exercícios 40
pontos (em duplas)
Avaliação escrita 35
pontos (individual)