Disciplina Bioinformática - TUTORIAIS

 

Programa:

 

Aula 1  Acesso remoto a servidores e introdução ao linuxTAREFAS

 

Aula 2 Processamento de leituras de seqüenciamento

                Phred/Phrap/Consed, CAP3, SeqClean, Cross-Match

 

Aula 3 Banco de dados de seqüências e busca de similaridade

                Blast, MegaBlast, SWAT

 

Aula 4 Alinhamento múltiplo e clusterização de seqüências

                COG, Kegg, GOA, Seed Linkage

 

Aula 5 – MySQL (siga manual)

 

Aula 6 Bancos de dados de transcriptoma

                UniGene, GEO, SAGE Map Viewer, K-EST

 

Aula 7 Taxonomia e Filogenia (Rodrigo Redondo)

                ClustalW, ClustalX, Phylip.

 

--------------------------------

 

Em  edição (acompanhe)

 

LISTA DE EXERCÍCIOS Nº 1

 

11/09 –   Estratégias de sequenciamento e montagem de genomas completos (Daniella Bartholomeu) – ATENÇÃO – aula no F2, sala 254.

 

18/09 –   Acessando genomas completos (Daniella Bartholomeu)

                GeneDB, TIGRDB, NCBI Genomic Biology, Ensembl Genome Browser

25/09  Anotação e visualização de genomas (Daniella Bartholomeu)

                Artemis e ACT

16/10 - Seminários

23/10 –   Mapeamento de transcriptoma (Glória Franco) - ATENÇÃO – aula no F2, sala 254.

                EST, microarray, SAGE

 

LISTA DE EXERCÍCIOS Nº 2

 

06/11 –   Análise de seqüências de proteína (Daniella Bartholomeu)

                Sinais de localização subcelular, modificações pós-traducionais, motivos e domínios  (Pfam, InterPro, Prosite, Smart)

13/11 –   Cristalografia (Ronaldo Nagem)

20/11 –   Polimorfismo de seqüências, bancos de dados de SNPs (Eduardo Tarazona)

27/11 –   Seminários

 

04/12 –   Avaliação escrita

 

Distribuição dos pontos:

Seminários                          25 pontos (em grupo)

Lista de exercícios            40 pontos (em duplas)

Avaliação escrita               35 pontos (individual)