Treinamento em Bioinformática 2008
A disciplina objetiva oferecer treinamento introdutório em bioinformática por meio de aulas práticas
utilizando os programas mais usados e trabalhando os principais conceitos em análises de seqüências.
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Programa:
- 5/mar: Aula introdutória: configuração, compra e montagem de servidor
- 12/mar: Instalação Linux e serviços (SSH, SFTP). Download de Cygwin
- 19/mar: Comandos ls, cd, mkdir, mv, rm, cp, more, tail, tar, man e uso de tab, seta e *
- 26/mar: Download de seqüências
- 2/abr: BLAST e MegaBLAST
- 9/abr: PSI-BLAST e RPS-BLAST
- 16/abr: PHRED, Crossmatch e Seqclean
- 23/abr: PHRAP, Cap3 e TGICL
- 7/mai: dbEST, Unigene, SAGE Genie
- 21/mai: Phylip (DNAdist, Protdist, Neighbor) e Mega
- 28/mai: Cluster, Treeview e GEO
- 4/jun: Uniprot (Uniref100, Uniref90, Uniref100), pFam, Psort,
- 11/jun: clusters: COG, Kegg Orthology, Seed Linkage, UECOG, K-EST, PCT
- 18/jun: PDB, MMDB, VAST, RasMol e Cn3D
- 25/jun: SSPro4 e Sov
- 03/jul: SWISSMODEL e Modeller
Literatura indicada: NCBI handbook | 3 créditos | quarta-feira 9-12h | Lab. de Informática do ICB
Avaliação: participação e auto-avaliação (50 pontos) e trabalhos em grupo (50 pontos)
E-mail Miguel